发简信
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ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数，它比传统系谱...
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系统发育比较分析—R系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Character evoluti...
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2022《Cell》 作物驯化与育种中的整合基因组学导读 野生植物被成功地驯化为农作物是人类文明的大事件。该过程的成功很大程度上要归功于持续的人工选择。本文总结了过去十年在作物驯化和育种研究中的新发现。作物基因组图谱的构建和众...
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老师可以尝试下这个agriGO v2.0的网址：http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/
我这里可以打开，期待对它的推文算法文献阅读9：ColinearScan (现代共线性算法的启发版)
ColinearScan是世界级共线性/多倍化/生物信息分析大牛/奠基人/发展人王希胤老师在北大读博开发的一款共线性算法软件。其实，后来的MCScan、MCScanX和WGD...
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老师你好，你提到block.csv可以用来找对角线上的基因（pair）,请问可以简单描述一下思路吗？
【比较基因组】共线性分析（WGDI）
如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。多倍化以及后续的基因丢失和二倍...
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写一封信 | 给踏入大学的小朋友
展信安，万万没想到，我还是选择带一个本科生班级（都柏林学院22园艺1班）。知道我的，或许都清楚，其实我并不喜欢别人喊我「老师」云云。与我而言，叫一声「老师」和一声「师兄」，是...
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指北 | 园艺学，到底是干啥的？
这几天晚上，与新入学的小朋友聊了下，发现绝大多数，对「园艺学」专业几乎完全不了解。我们就说实话吧，对于任何一个专业，除了极少数人外，几乎没有一定明确要学哪个专业，或者明确不学...
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2022-09-16多倍化以及二倍化今天读了一篇综述很有趣，把关键知识点记录一下。 1. 多倍化分为同源多倍化和异源二倍化，区分两者的关键且唯一之处是 multisomic inheritance。 Diff...
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浅谈多倍体概念以及多倍体形成的几种途径多倍体，拥有三套及三套以上完整染色体组的生物体。 根据多倍体是否经历或已经完成二倍体化，可以将多倍体分为古多倍体 (paleopolyploid) 和近多倍体 (neopol...
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2022《Horticulture Research》| 泛转录组+GWAS/eQTL解析茶树次级代谢物调控网络2022年7月，刘仁义团队（福建农林大学）和张兴坦团队（福建农林大学/中国农科院深圳农业基因组研究所）在Horticulture Research期刊（IF=7.291）发表...
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为什么要做基因家族（前言）基因家族的概念 基因家族 : 来源于同一个祖先，由一个基因通过基因复制而产生的两个或多个拷贝而构成的一组基因，他们在结构和功能上面具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。 包...
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分析 | GO 富集分析
从研一来到组里，一直听到 GO 富集分析几个字。直到现在，研二基本结束了，我都没做过，也不会做。有一个大概的认识，就是，自己的基因集中某种功能基因的占比要高于这种功能的基因在...
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
