@蛰伏期_6231 我发现SMC++ 使用不同的过滤参数，结果完全不一样，尤其是split，结果能差一个数量级
SMC++进行有效种群分析本文为CSDN博主「生信菜鸟1号」的原创文章，原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45694863/article/details/12680...
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vcftools 计算 pi、fst、tajima's D
计算每个位点的多态性； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...
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2019-03-06 Mac 复制快捷键失效问题Mac 复制快捷键失效问题 最近忽然发现点按 ⌘C 有时候无法进行进行复制，狂按几次菜单栏中的“编辑”部分才会变蓝…… 开始以为是我的 Mac 按键失灵了，但仔细试了一下，发...
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潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...
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入门流程 | 三代测序基因组从[ 组装 ]到[ 评估 ]- Pacbio、Flye、Quast写在前面 最近，带一个师妹了解并做了简单的基因组组装工作，感觉其上手速度还可以。慢慢地有初窥生物信息学数据分析门径的样式，于是....还是鼓励她整理整理流程，分享分享（其实....
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Biopython之gbff转gff格式 2020-04-27gbff是NCBI基因组数据库常见的基因组genebank格式文件，在实际分析中，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff转换gff格式的需求image.png ...
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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conda安装bioperl模块之后还是不能调用其中的模块
我第一次遇到这种情况的时候，在网上查了很多的教程，试过各种方法，以及重新安装相应的模块还是不能解决，在各种折磨之后终于找到了原因。 查看conda安装bioperl后的存储的...
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使用pyGenomeTracks绘制表观展示图pyGenomeTracks是什么 首先在介绍pyGenomeTracks之前， 先说几个常用的表观组学数据展示工具，IGV，UCSC和WashU。其中大家用的最多的应该就是...
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bam转fq文件 避坑网上主要有两种方法： bedtools 里的bamToFastqbamToFastq -i XX.bam -fq XX.fq samtools bam2fqbam2fq XX...
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iTAK：在线预测全基因组转录因子TF，转录调节因子TR与蛋白激酶PK前言 康奈尔大学，FeiLab的一个预测工具。 iTAK 是依赖于数据库的用于从蛋白质或核苷酸序列中识别植物转录因子 (TF)、转录调节因子 (TR) 和蛋白激酶 (PK)，...
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计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...
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quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit（补充）
quarTeT软件报错情况及处理 依赖tidk，但是安装的tidk不能是最新最高版本的。如果是，需要对其进行降级处理。降级的方式也很简单
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quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit(一款多功能软件。)
功能 参考引导的基因组组装 1.AssemblyMapper: reference-guided genome assembly 基于长读长的填缝 2.GapFiller: ...
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安装和运行DeepTE时报错的解决办法
DeepTE是一款非常实用的转座子分类工具，一般在跑完EDTA重复序列注释后可以运行一下DeepTE对unknown的转座子进行进一步分类。然而，我在安装这个软件时遇到了报错...
