看代码这是将空值直接写为0值？这样会不会直接了？为何不用填补缺失值的方法进行填缺？
IP属地：德克萨斯州
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更新R和R包
三个月前R 4.0版本就已经正式上线了，之前怕麻烦就一直没更新，而现在由于要用到新版本的R包，才想起顺便一起更新了R。 目前在官网上的最新版R是2020-06-22的4.0....
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TCGA FPKM 转化为 TPM
FPKM 一般来说不太好用，转为TPM进行后续的分析比较合适。下面是FPKM转化为TPM的R实现： 参考： RNA-Seq的Counts和FPKM数据如何转换成TPM？[ht...
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用clusterProfiler做GSEA（一）GSEA的介绍：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相应的软件，其实clusterProfiler除了做go term 富集...
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@小啵_3cbf 没有噢，自己尝试吧
将ICGC的基因表达数据处理成表达矩阵（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的数据库，想作为TCGA数据挖掘的验证集，然后发现ICGC下下来的数据不能够直接用于分析，于是写个小的perl处理了一下，能够分别输出标准化过的...
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@归鹤鸣 甲基化的数据我没有太关注，你可以自己适当修改代码
用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记
前言 之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最...
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用melt啊，具体用法摸索一下就知道了，挺简单的
将ICGC的基因表达数据处理成表达矩阵（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的数据库，想作为TCGA数据挖掘的验证集，然后发现ICGC下下来的数据不能够直接用于分析，于是写个小的perl处理了一下，能够分别输出标准化过的...
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@caumine 学习了😀😀
Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因为以前的分析流程要在Shell 和 R 之间切换，然后可控性还差，有点烦，正好最近有点数据要分析，干脆就重新建立一个 all in one 的流程，方便以后使用。 运...
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@qiuqiu0816 Rstudio
用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记
前言 之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最...
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Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因为以前的分析流程要在Shell 和 R 之间切换，然后可控性还差，有点烦，正好最近有点数据要分析，干脆就重新建立一个 all in one 的流程，方便以后使用。 运...
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「代码记录」WGCNA篇Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代码，实现了导出gene2module 目的 最近有个项目又准备跑WGCNA，之前跑通过一个，然后很久没碰，...
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是的
用随机森林算法进一步筛选差异表达基因
前言 很多时候，我们分析完差异表达基因后，发现会得到一大堆差异基因，常见的做法有降低Pvalue的阈值，挑选fold-change最大的基因，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
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@研平方 我的解决方式就是取交集，其他舍弃
将ICGC的基因表达数据处理成表达矩阵（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的数据库，想作为TCGA数据挖掘的验证集，然后发现ICGC下下来的数据不能够直接用于分析，于是写个小的perl处理了一下，能够分别输出标准化过的...
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是网络问题吧。。
用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记
前言 之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最...
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试一下添加参数summarizedexpriment = F
用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记
前言 之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最...
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@浮云O_o 看来是bug fixed 了
用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记
前言 之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最...