前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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CUT&Tag数据分析笔记（1） -
m6A甲基化数据分析流程前面我们简单介绍过m6A RNA甲基化修饰特征[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__...
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ggplot2一页多图排版的简便方法更好的阅读体验>> 要想在同一页面上排列多个ggplot2图形，基本的R函数par() 和 layout()是无效的。解决方案之一是使用 gridExtra包中的一些函数来排...
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R语言可视化（二十七）：序列logo图绘制27. 序列logo图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用seqLogo包绘制序列logo图 使用ggseqlogo包绘制序列logo图 使用motifStack包...
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个性化ChIPseeker注释peak结果，基因 or 功能区类型随心选，好用的脚本等你来取ChIP-seq、ATAC-seq等获取到基因组范围内的peak后，需要对其进行基因注释以便进行后续的分析。ChIPseeker做为peak注释的R包，用来很不错，但有时...
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芯片数据和RNA-seq的差异分析流程由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。 假如你是小白，也刚刚了解NG...
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methylKit甲基化分析
引言 methylKit是一个R软件包，用于分析和注释通过高通量亚硫酸氢盐测序获得的DNA甲基化信息。该软件包旨在处理RRBS及其变体的测序数据。但是，如果提供正确的输入格式...
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limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和...
