在生成raw vcf后，进行SNP和indel提取，便于后续分析。GATK4——gVCF转VCF - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu...
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GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel
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trimal的使用
之前使用gblocks裁剪比对序列，感觉裁剪的不是很智能，大量可能有用的序列被裁剪掉，所以尝试使用trimal。 1.下载安装 在自己目录下输入 导入trimal安装包（如果...
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@印痕 这个我就有点不清楚你做到哪一步了
quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit(一款多功能软件。)
功能 参考引导的基因组组装 1.AssemblyMapper: reference-guided genome assembly 基于长读长的填缝 2.GapFiller: ...
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@印痕 cd mummer之后就是开始安装了，/path/to/installation改为当前文件夹的全路径即可；gunplot没办法用conda安装有几个可能：1网络原因；2.conda自身的原因。我的建议还是用conda安装，这样的话很多依赖就没有那么麻烦了，你可以用conda的插件conda install mamba，再用mamba insatll gnuplot 可以这么试试
quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit(一款多功能软件。)
功能 参考引导的基因组组装 1.AssemblyMapper: reference-guided genome assembly 基于长读长的填缝 2.GapFiller: ...
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GWAS-eQTL的共定位分析GWAS-eQTL的共定位分析，听起来是不是很高大上。当时自己也是不太清楚，还到处找教程，脚本什么的。但是都无果，好不容易找到一个，折腾了半天安装了R包，只能做人类的！！！当...
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久没有发简书了，去学习新技术新知识去了，实在是没有时间！！现在有点时间，记录分享一下新知识~这段时间也是被这个eQTL搞得很头疼，现在终于弄出来，记录记录！ Matrix ...
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物种间共线性图参考：https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/102804593https://www.jianshu.com/p/...
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GWAS分析 (一)接触全基因组关联分析（GWAS）已经一年半有余，从刚开始对GWAS的全然无知到现在慢慢了解，越来越能体会到这项技术的了不起。同时，越来越多的科研工作者也在使用这项技术，然后就...
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R语言实现蛋白质相互作用网络——PPI可以用网页版做，但有上限2000个基因的限制。所以今天开发一下怎么用R飞一波。 1. 下载STRING数据库中蛋白质相互作用网络 2. 下载Uniprot ID转换文件 打开...
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把基因画在染色体上之前有一次，我导说“能不能把这些基因按顺序画在果蝇的染色体上”，因此，我寻找了一些实现这个需求的方法。经过一番奇奇怪怪的操作之后，最终用ggplot2画了。。。其它方法简单地...
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群体选择信号分析群体进化与选择信号：●生活在世界不同区域的生物群体在历史长河中经历千万年的自然选择、人工驯化、迁徙、遗传漂变等事件的洗礼，有的物种灭绝，有的物种分化出不同的亚种或亚群,甚至逐...
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请问一下，interproscan 结果文件的输出格式什么是什么呀，为什么我的tsv输出没有表头呢
InterPro 注释和结果可视化
一、InterPro数据库简介 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库。 Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、...
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InterPro 注释和结果可视化一、InterPro数据库简介 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库。 Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、...
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2021-01-04根据SNP验证自然选择—XPEHH分析转载自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 选择清除分析是常用于鉴定群体基因组水平受选择区域的一种方法，其...
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比较基因组学之共线性工具JCVI安装及使用比较基因组学之共线性工具JCVI安装及使用 jcvi及依赖的安装 $ conda create -n jcvi -c bioconda -c conda-forge jcvi...
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全力以赴快乐学习，倾我所能认真生活。
