深山夕照深秋雨OvO

0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...

生信石头

写在前面 前述，我已经写了两个 TBtools 插件，实现了在纯粹的WIndows环境下（非虚拟机，非WSL），使用 Hisat2 进行基因组索引构建以及转录本回帖。最近家里...

生信石头

写在前面 目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件...

看远方的星

陈巍学基因-illumina测序原理官方-illumina测序原理步骤：一、sample prep（样本准备）：基因文库制备（一个基因组切断再加接头）二、cluster ge...

笺牒九州的怪咖

生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、...

dasdadf

我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们究竟差在哪里呢？ GFF全称为general ...

oddxix

原核生物基因结构一个完整的原核基因结构是从基因的5’端启动子区域开始，到3’端终止区域结束。基因的转录开始位置由转录起始位点，转录过程直至遇到转录终止位点结束，转录的内容包括...

天涯清水

前言 在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。...

生信石头

写在前面 生物信息数据下游分析，是一个非常复杂，且几乎没有也不可能流程化的操作。究其原因，但凡贴近生物学问题，需要更多生物学视角，甚至是研究人员的直觉。而这，恰恰又是工作亮点...