梦蝶蓝天宇

KOBAS网站，登录不进去啦~😢

GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAV...

南博屹生物医学

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梦蝶蓝天宇 ·

在linux中对gencode的gtf注释文件grch38.gtf.gz进行以下操作就可以得到含有ensembl_id和symbol 相对应的文件了，
之后可以参照楼主的步骤进行id转化，即可完美进行ensembl_id转化为symbol~~~
zcat grch38.gtf.gz >38.txt
awk -F 'gene_id \"' '{print $2}' 38.txt|awk -F '\"' '{print $1}' >gene_id.txt
awk -F 'gene_name \"' '{print $2}' 38.txt|awk -F '\"' '{print $1}' >gene_name.txt
paste gene_id.txt gene_name.txt >e2s_grch38.txt
uniq e2s_grch38.txt >e2s_grch38_gencode.txt

嘿嘿嘿嘿哈 评论自ensembl_id转换之两种方法比较

梦蝶蓝天宇

@pudding815 建议先学习下Seurat的标准处理流程吧

适用于scRNA-seq的细胞通讯工具-1：CellphoneDB

先记录一下，我安装过程的惨痛经历😭，希望小伙伴们避免像我一样入坑。起初每一次安装，不论是使用conda还是pip工具，发现安装好的CellphoneDB（4.0.0）在she...

梦蝶蓝天宇

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梦蝶蓝天宇

注释好细胞后，提取count和metadata，再使用SingleCellExperiment函数构建

适用于scRNA-seq的细胞通讯工具-1：CellphoneDB

先记录一下，我安装过程的惨痛经历😭，希望小伙伴们避免像我一样入坑。起初每一次安装，不论是使用conda还是pip工具，发现安装好的CellphoneDB（4.0.0）在she...

梦蝶蓝天宇

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梦蝶蓝天宇

@pudding815 OKOK，解决啦，感谢🤗

cellphoneDB呕心沥血下载安装教程

我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...

pudding815

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梦蝶蓝天宇

今天再学习一下第三个适用于单细胞转录组数据的细胞通讯工具:NicheNet，与其他常见细胞通讯分析软件（CellphoneDB，cellchat等工具）相比而言，NicheN...

梦蝶蓝天宇

我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...

梦蝶蓝天宇

note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
ERROR: Failed building wheel for scikit-learn
Failed to build scikit-learn
ERROR: Could not build wheels for scikit-learn, which is required to install pyproject.toml-based projects
你好，博主，今天在安装时，一直出现这个错误，查了下好像是版本不兼容问题，但是我安装了多个版本依旧是这个问题。不知道，博主有没有遇到过这个问题？😣😣

cellphoneDB呕心沥血下载安装教程

我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...

pudding815

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