吴阿离

最近在学习一篇群体转录组和eQTLs相关的文献，做一个简单的笔记。该论文分析了287份材料的转录组数据，并在一个远端eQTL调控热点中鉴定到一个关键转录因子，它能够激活下游抗...

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概览 Title：From GWAS to Function: Using Functional Genomics to Identify the Mechanisms Un...

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以下是自己使用map-to-pan分析泛基因组的部分代码，仅供参考:统计fasta序列的N50、N90以及最短、最长序列 现在需要筛选大于500bp的序列做后续分析: 再写个...

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1. 基因DNA分为编码区和非编码区，编码区包含外显子和内含子，一般非编码区具有基因表达的调控功能，如启动子在非编码区。编码区则转录为mRNA并最终翻译成蛋白质。外显子和内含...

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各位做生信的小伙伴都知道，对于下机的FASTQ数据需要进行质控和预处理，以保证下游分析输入的数据都是干净可靠的。通常我们都是使用FASTQC等软件进行质控，使用cutadap...

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我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...

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欢迎关注R语言数据分析指南 最近看到一张非常有意思的图，暂且称之为饼状热图,与corrplot所绘制的有所不同此图使用的为离散型变量，例图如下所展示；由于作者未提供原始数据，...

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导读 野生植物被成功地驯化为农作物是人类文明的大事件。该过程的成功很大程度上要归功于持续的人工选择。本文总结了过去十年在作物驯化和育种研究中的新发现。作物基因组图谱的构建和众...

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背景介绍 甘蓝类植物作为经济重要的蔬菜作物，其具有多种形态，如花椰菜和卷心菜等。而遗传变异（特别是较大规模的结构变异）则是甘蓝类植物产生形态多样性的基础。以前对甘蓝类植物的全...

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ABBA-BABA分析方法最早发布于2012年NATURE的文章：Butterfly genome reveals promiscuous exchange of mimic...

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最近在基迪奥平台上看到了这张KEGG富集信息图，刚好手头有批现成的转录组数据，刚好绘制一下给富集图换换风格~~image.png 准备输入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...

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在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmer...

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跟着 Nature Communication 学作图 | 百分比堆积柱状图+卡方检验 今天我们复现一幅2021年6月发表在nature communications上的热图...

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论文 MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for ...