周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
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@3605226edf48 我的基因名比较特殊所以转换了，时间太久远了
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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请问deseq2.R文件是如何获得的？为什么我没有这个文件
转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2
STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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【软件填坑日记】服务器安装OrthoFinder
OrthoFinder 鉴定直系同源基因，构建物种树的神器，今天在服务器安装了一次，踩了好多个坑，终于安装上了。 安装方法 conda: conda install -c b...
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如何寻找同源基因---OrthoFinder
构建物种的系统发育树，计算kaks值或者比较基因组学和进化的其他分析都少不了需要寻找同源基因。之前已经介绍过Orthomcl的自动化使用，Orthomcl也是目前引用最好的寻...
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你好，还可以分享一下测试文件和脚本吗？这对我有很大的帮助。
Python 脚本提取基因组指定位置序列
测试fasta文件（无提取码）：https://pan.baidu.com/s/1yYQNxty5hBdcpoA8xkrQUg 示例脚本（提取码 cb10）：https://...
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Biopython学习笔记（四）访问NCBI Entrez数据库Entrez是一个检索系统，供人们访问NCBI里各个数据库。比如说：PubMed, GenBank, GEO等等。你可以通过网站来搜索你想要的内容：https://www.n...
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@生信start_site 好吧 感谢！
Biopython学习笔记（三）Blast
使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询 序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，...
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@生信start_site 试了不同e值都是这个结果 最后设成0.1也是一样的…感到疑惑
Biopython学习笔记（三）Blast
使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询 序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，...
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Biopython学习笔记（三）Blast使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询 序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，...
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大佬你好，首先表达我的感谢，你的文章对我非常有帮助，按照相同的方法，我对一条蛋白序列进行了blastp，得到九万多条结果和xml文件，在后来对e值定义时，无论我改成1e-5或是更大，输出的结果总是只有几条，e值极小，只到1e-122，这是输出不完整吗？希望得到回复，谢谢。
Biopython学习笔记（三）Blast
使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询 序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，...
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@BioinfoFungi 应该不会吧 因为我的go富集分析做出来了 物种是水稻 也挺常见 最奇葩的是 我的genelist里有他具体的基因号 不知道为什么比对不少
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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@BioinfoFungi 你好 我在最后一步出错了 明明提供了相应格式的基因名 却总显示no gene mapped 是因为我要富集的基因太少吗（五百个左右）
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
