做完基因组注释后需要统计一下基因长度，CDS长度和intron以及exon长度。 1.首先统计基因数目，直接使用linux统计： awk '$3 == "gene"' mya...
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统计注释出的基因数目，基因长度，外显子和CDS长度 -
用verkko组装基因组
背景介绍 verkko是一个最新的可以应用于二倍体基因组T2T（telomere-to-telomere）级别的基因组组装的组装软件。 2022年9月14号李恒在主题为Pac...
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fastq污染源检测参考： 生信：2：sam格式文件解读[https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972]FastQ S...
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EVidenceModeler(EVM)流程做基因组注释简单小例子
首先是安装这个流程，试了一下可以使用conda进行安装 安装好以后很多perl脚本是在 anaconda3/envs/EVM/opt/evidencemodeler-2.1....
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安装基因组注释流程braker2github链接 https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER[https://github.com/Gaius-Augustus/BRA...
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gemoma安装与简单用法
gemoma是根据已知参考基因组的注释，给未知基因组注释的软件，貌似网上仅仅有提到，却没有具体的用法，笔者研究了一下，写下以下傻瓜式攻略，给大家参考安装很简单，直接用cond...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之AUGUSTUS模型训练）
准备训练集和测试集 根据Augutus的官方教程，可靠的基因结构序列的要求如下： 提供基因的编码部分，包含上游几KB。通常而言，基因越多，效果越好，至少准备200个基因以上。...
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RepeatModeler + RepeatMasker安装
一、安装RepeatModeler 1. 下载RepeatModeler，地址为http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/[htt...
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基因注释：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本为3.01.04 第一轮：将已知基因比对到基因组 包括两个部分：🔸屏蔽重复序列🔸将已知的转录组/蛋白序列与基因组进行比对 1.（可选）构建自定义重复序列...
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2022-03-10使用fastp进行数据过滤的参数说明fastp是啥？ 它是一个针对FsastQ文件的数据过滤软件，“快”所以取名有fast，这个软件是用C++语言写的，支持多线程。就是rawdata到cleandata的过程需...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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RepeatModeler RepeatMasker做重复序列注释
https://darencard.net/blog/2022-07-09-genome-repeat-annotation/[https://darencard.net/b...
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日常搬砖
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linux环境变量总结（二）
一、环境变量设置 1. PATH 环境变量，设置可执行文件的搜索路径 2. C_INCLUDE_PATH 环境变量，设置gcc找到头文件的路径 3. CPLUS_INCLUD...
