R包文档参考：https://www.metaboanalyst.ca/docs/RTutorial.xhtml#Workflow:%20Case%20Study%201[h...
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MetaboAnalystR包灵活、可重复的分析代谢组数据 -
链偏倚（strand bias）对Illumina短序列测序数据的影响这是范德比尔特-英格拉姆（Vanderbilt-Ingram）癌症中心于2012年在《BMC Genomics》杂志发表的一篇关于链偏倚性的一篇文章，发表时间虽然距今已经10...
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系统进化树简介及构建系统进化树学习笔记。 系统进化树简介 系统进化树（Phylogenetic tree）：用一种类似树状分支图形来概括各节点之间的进化关系，节点可以是不同物种、同一物种不同样本...
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用Igraph创建关系网络&简单网络分析---------------------------------------------目录----------------------------------------...
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GATK4全基因组数据分析最佳实践,我以这篇文章为标志,终结当前WGS系列数据分析的流程主体问题 | 完全代码这是我根据之前的WGS系列和GATK4实践文章进行重新梳理之后确定下来的分析流程，这是一个WGS的最佳实践，它基于GATK4和我的实际经验，稍作修改即可应用到实际的项目中。我...
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Hierarchical 聚类原理
层次聚类(hierarchical clustering)通常和热图(heatmap)密切相关。 绘制热图前，通常需要进行数据标准化处理。 关于数据标准化处理的内容，改天再补...
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R TIP: 始终使用drop=FALSE
在提取数据框或者maxtrix数据的时候我们喜欢使用[,]， 那么我们应该养成习惯：始终使用drop=FALSE参数。R中，单列数据框经常会被转换成因子： 上面例子中，我们的...
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gatk VariantFiltration（Mutect2后）参数调整关于vcf文件的学习（所有的需要信息都在头文件中） FORMAT variants的格式，例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:样品的基因型（genotype） 两个数字中...
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关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤
前言 很多关注我这个专题的朋友都在后台留言，说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的，确实这是一个比较重要的问题。第一，过滤到一些低质量的SNP可以防止calling一些假阳性...
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利用Pypubmed抓取文献
推荐一款批量抓取文献的神器，Pypubmed简单安装及使用方法如下 参考链接：https://mp.weixin.qq.com/s/f8h8DOpCAuzye-lnDc0_6...
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GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得...
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【Bioconductor系列】利用Bioconductor包进行基因组变异位点注释
基因组变异位点注释 安装工作流程所需的biconductor包 背景 VariantAnnotation包能够有效的从Variant Calling Format(VCF)文...
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北京基因组所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最优，搜索全局最优
