The BioGRID interaction database: 2019 update BioGRID(Biological General Repository for...
发简信
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BioGrid:满足所有各种互作关系数据需求的数据库 -
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忘记了，根据当时的计算机条件，我可能使用了20线程左右
Sambamba 去除重复工具
写在前面 为什么会用这个工具呢因为我听说很快，并且被 samtools markdup 和 picard 伤到了。用 samtools markdup的时候提醒我要先 fix...
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CIBERSORT：反卷积推测bulk中的细胞类型五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT，这个包其实很早就想学的，因为现在一般的单细胞文章的套路，很难不用到它，那么它能干什么呢？它能够推测出bulk RNA每一个样本中...
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WSL2安装ubuntu及修改安装位置本人小白一枚，因为生信分析的需要开始学习Linux。使用visualbox等虚拟机运行Linux有时会没有那么流畅，想试试看WIN10自带的WSL2来使用linux。这里总结...
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【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt上，protocol也相应发表在n...
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featureCounts 得到的counts计算 cpm、 tpm、FPKM
一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言，RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到的上游软件就是featureCounts和Salmon了，在这两类软件的...
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蛋白质组学中对缺失值的处理
蛋白质组学数据中经常存在缺失值（missing values）,特别是对于非标记定量蛋白质学（DDA或者DIA），都存在相当一部分缺失值。首先说说缺失值的产生机制： 完全随机...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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如何进行高维变量筛选和特征选择(一)？Lasso回归01模型简介 随着海量电子病历的挖掘，影像学、基因组学等数据进入医学统计分析，经常会面临对高维变量特征选择的问题，Lasso回归是在线性回归模型的代价函数后面加上L1范...
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ggplot2作图设置坐标轴的起始位置当使用ggplot2作图的时候有限制坐标轴的范围的需求时可以使用的设置函数有3个：xlim( ) or ylim( )scale_x_continuous(limits = ...
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【R语言】Robust Rank Aggregation(RRA)方法介绍RRA（Robust Rank Aggregation）是一种对排名进行整合，获得一个综合性排名列表的算法。这个方法最早实在2012年发表在Bioinformatics杂志上...
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ggplot2中ylim的坑
在ggplot2中很容易出现一个修改坐标轴范围的问题，喜欢用ggplot2画图的需要注意一下。ylim和coord_cartesian都是调整坐标轴范围，但是它们的结果是有...
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Scrublet：鉴定单细胞转录组中的doublets文献标题：Scrublet: Computational Identification of Cell Doublets in Single-Cell Transcripto...
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哈佛大学教授刘小乐：我与生物信息学的不解之缘
转自：测序中国 从北大到斯坦福，生物与计算机相遇 由测序中国发起的“NGS十周年接龙”活动春节前的最后一波正在来袭。受华中科技大学生命科学与技术学院教授薛宇邀请，今天，由哈佛...
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R数据可视化13:瀑布图/突变图谱突变相关分析的时候我们经常会选择瀑布图进行展示，瀑布图看起来十分的复杂高端，但是实际上只需要用一个GenVisR的R包即可解决。今天就让我们来看一下如何做瀑布图吧。另外，因为...
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R语言：多因素Cox回归森林图 (基于forestplot包)欢迎大家关注我的公众号：一只勤奋的科研喵[http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=Mzg2MjU2NDQwMg==&hid=2&s...