jjjscuedu

轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...

单细胞空间交响乐

最近年中总结，我们来分享一些绘图的操作，基础知识，多多学习 今天我们分享的是R包ggstatsplot，非常完美的一个绘图R包，我们来看看这个包的绘图能力。 1. R包的安装...

Hayley笔记

AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...

单细胞空间交响乐

hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...

小洁忘了怎么分身

前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...

猪莎爱学习

莎莎写于2020.5.7✍今天上午10点钟准时就醒了，然后和室友磨叽半天去实验室打扫卫生，然后签了字就偷偷溜了😄然后回到中校区买了超级甜的哈密瓜🍈还有火龙果，沃柑，一共是30...

Hayley笔记

单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...

美式永不加糖

网速慢的原因找到了 R 与 BioMart 数据库的语言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...

Hayley笔记

1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...