转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组,与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ,调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组,与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ,调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据,今天就开始对SRA进行处理(以SRR5489805为例)。SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代...
本期和大家分享科研菌在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货。 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输...
BIOG操作步骤: 1. 请自行准备:无水乙醇、生理盐水、二甲苯及1.5mL离心管。 2. 取出析出液和洗涤液,按以下操作:a) 析出液:4.5mL加入25.5mL无水乙醇,...
随着单细胞数据的不断积累和转化,拿一个组织画个图谱的草莽时代已经基本一去不复返了。往深了做的一个方面就是做某个细胞类型的图谱。特别是对那些异质性较高的细胞类型。 例如,我们熟...
最近年中总结,我们来分享一些绘图的操作,基础知识,多多学习 今天我们分享的是R包ggstatsplot,非常完美的一个绘图R包,我们来看看这个包的绘图能力。 1. R包的安装...
AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集(如gene signature,gene module)的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
hello,大家好,今天周一,做一个简单的汇总,主要针对基因集打分,无论是单细胞还是空间,基因集打分都很普遍,方法也很多,我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中,整...
前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包,就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
莎莎写于2020.5.7✍今天上午10点钟准时就醒了,然后和室友磨叽半天去实验室打扫卫生,然后签了字就偷偷溜了😄然后回到中校区买了超级甜的哈密瓜🍈还有火龙果,沃柑,一共是30...
单细胞富集分析系列: 单细胞之富集分析-1:单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2:批量...
网速慢的原因找到了 R 与 BioMart 数据库的语言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后,矩阵默认会变成SCT矩阵,如果不加设置,后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
因为样本数量比较可观,所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析,挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合,或者显著差异表达的基因集合等等。...
富集分析是一种大家常用分析方法;msigdb数据库中有定义好的基因集,但其中绝大多数数据都是人类的;老鼠和其它物种的基因集有的,但是比较少,无法满足大众的需求。msigdbr...
近期接了一个小任务,对本单位学生的每学期的成绩进行重新估算。获得的数据是長数据,为了处理方便,需要将其转化成宽数据。 在此之前,需要根据研究目的对数据进行清理。拿到的原始数据...