转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型 -
SRA数据(2)------SRA数据处理
上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据，今天就开始对SRA进行处理（以SRR5489805为例）。SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代...
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MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据
本期和大家分享科研菌在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。 1.明确Project：SRP119720，打开浏览器，输...
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石蜡包埋组织DNA如何提取
BIOG操作步骤： 1. 请自行准备：无水乙醇、生理盐水、二甲苯及1.5mL离心管。 2. 取出析出液和洗涤液，按以下操作：a) 析出液：4.5mL加入25.5mL无水乙醇，...
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单细胞测序揭示成纤维细胞（fibroblast ）异质性随着单细胞数据的不断积累和转化，拿一个组织画个图谱的草莽时代已经基本一去不复返了。往深了做的一个方面就是做某个细胞类型的图谱。特别是对那些异质性较高的细胞类型。 例如，我们熟...
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绘图操作之ggstatsplot（高级绘图，基础知识）
最近年中总结，我们来分享一些绘图的操作，基础知识，多多学习 今天我们分享的是R包ggstatsplot，非常完美的一个绘图R包，我们来看看这个包的绘图能力。 1. R包的安装...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
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GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
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免疫学硕士一枚～<br>生信热爱者但是小白一枚~<br>目前成就为0~<br>加油哦，一大波成就正在路上啦~<br>啾~猪莎要加油哦~
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一个GSE有两个GPL该怎么办莎莎写于2020.5.7✍今天上午10点钟准时就醒了，然后和室友磨叽半天去实验室打扫卫生，然后签了字就偷偷溜了😄然后回到中校区买了超级甜的哈密瓜🍈还有火龙果，沃柑，一共是30...
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单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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Bioinfo修炼中~<br>公众号 “生信OOP” ，欢迎关注！
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biomaRt: 用R愉快检索BioMart数据库网速慢的原因找到了 R 与 BioMart 数据库的语言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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医学博士，新药研发
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STEP6:WGCNA相关性分析因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或者显著差异表达的基因集合等等。...
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msigdbr 包提供多个物种的MSigDB数据
富集分析是一种大家常用分析方法；msigdb数据库中有定义好的基因集，但其中绝大多数数据都是人类的；老鼠和其它物种的基因集有的，但是比较少，无法满足大众的需求。msigdbr...
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用 vlookup 命令在excel中实现将长数据转换为宽数据近期接了一个小任务，对本单位学生的每学期的成绩进行重新估算。获得的数据是長数据，为了处理方便，需要将其转化成宽数据。 在此之前，需要根据研究目的对数据进行清理。拿到的原始数据...
