数据可视化是将数据直观展示出来的一个必不可少的步骤。ggplot2是一个非常常见的绘图R包，在文献中，我们常常会看见用漂亮箱线图来展示原始数据的分布。这里我们就用一个基因表达...
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ggplot2：如何优雅地绘制箱线图 -
ANNOVAR结果说明-SNP/INDEL
一 结果文件说明 1 VCF (Variant Call Format)是储存Variation结果的文件格式 该文件的#列为文件的详细解读信息 2 *.hg19_mul...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 应该是目前最常用的变异检测软件，尤其是在人类基因组上。不过HaplotypeCaller的速度相对于其他软件，例如bcftools,...
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ensembl_id转换之两种方法比较
一个基因在不同的数据库有不同的名字：1.Entrez gene ID：我们一般说的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串数字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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fasta/fastq序列长度分布统计首先得到每条序列的长度，在这里使用seqkit软件。seqkit软件是一个强大的序列处理工具，安装方法参见官方网站.代码如下： 结果如下所示： 将 Length.txt导入到...
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那令人困惑的比对工具选择啊~
写在前面的废话 我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~ 刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是H...
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TCGA学习01：数据下载与整理TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 TCGA学习02：差异分析 - 简书 TCGA学习03：生存分析 - 简书 TCGA学习04：建模预测-cox回归 - 简书...
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求 bam文件单个位点碱基比例目的：给你一个bam 文件，如何查看一个位点的碱基情况，直接IGV 就ok,如果需要看多个点，就需要使用软件了。(一般情况vcf DP4会告诉此位置ref base和非ref...
