单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 马上春节了，大家有没有想对自己说的话？ 2024或许迷茫、或许低谷，但是都过去了，放上几挂鞭，2025再出发。 今日分享文献，HD + Cell...

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今日借花献佛。 生活很好，有你更好，新年快乐。

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 雪 大雪 好大的雪 太原下了好大的雪 2025年的第一场雪 今日目标，社区网络，大家要活学活用，高低精度都有，大家如果学的仔细的话，应该会联想到...

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作者，Evil Genius 小年了，俗话说，过了腊八就是年，现在我们都过小年了，就提醒一句啊，大家速度结婚。 今天我们复习，mistyR的python版本。 一些基础知识需...

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作者，Evil Genius 这一篇我们分享文献，多组学文献，多组学是未来的趋势，当下还都是发高分用的。 知识积累 衰老是癌症的最大危险因素 scRNA + scATAC +...

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作者，Evil Genius 今天我们更新脚本，cell2location多样本的分析结果，从多样本的角度分析共定位。 之前分享过一个方法，文章在课程复习----多样本进行共...

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作者，Evil Genius 今日目标，单细胞轨迹分析 关于单细胞轨迹分析，虽然大家觉得已经烂大街了，但是分析的很好的人，屈指可数。 关于轨迹分析，有几个难点需要优先解决 1...

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作者，Evil Genius 我们今天更新一个内容，那就是visium的通讯分析。 最近也接触了很多分析空转的人，从我的角度来看，我觉得很多人还没有达到可以分析空转的水准，不...

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作者，Evil Genius 高精度平台（Xenium、CODEX、CosMx）的空间细胞邻域niche分析。 核心就是一定距离内的细胞(window)都是该位置的niche...

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作者，追风少年i 我们来复习复习吧。 2025年，希望霉运散去，一切向好。 前段时间有粉丝觉得NMF之前的代码都太复杂了，看看能不能来个简单版本的。 最近的文章也都不打算收费...

单细胞空间交响乐

作者，追风少年i 年前我们就不过多往前走了，复习复习吧。 大家最近也应该感觉到了，针对不同类型的空间平台，有一些分析是通用的，但是有些分析是各个平台独有的，比如今天要分享的h...

单细胞空间交响乐

作者，追风少年i 今天我们继续距离分析，这个分析在空间转录组是比较关键的一环。 之前分享的距离分析文章，主要针对区域和细胞类型的关系， 脚本更新----空间转录组的Radia...

单细胞空间交响乐

作者，追风少年i 今日目标 discover cellular niches differentially enriched in spatial regions, long...

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作者，Evil Genius 今天我们需要实现的目标 看看方法部分 其实就是CNV分数矩阵做均一化，PCA降维，然后采用miloR进行聚类分析，分析CNV事件的相互联系。 其...

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作者，Evil Genius 今日分享文献 分享之前简单复习一下10X单细胞数据分析CNV的注意事项，大家学习的时候多看看细节。 1、采用的矩阵 2、关键性的参数 3、inf...

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作者，Evil Genius 腊八了，大家好啊。 年前我们就不过多往前走了，今天我们来学一学如何组图吧，图片是文章的门面，我们组一张。 我们来实现一下,需要source的脚本...

单细胞空间交响乐

大家好，2025年了，霉运散去，财富缠身，高分SCI，助力我们登顶。 关于细胞类型空间关系之类的分析，分享了很多了，大家也应该有了一定的认识，但是呢，有一个问题，目前分析空间...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天废话不多说，针对bin模式Stereo-seq、HD和visium，完成解卷积 + 细胞层次聚类 我们直接上封装好的代码 传参后的脚本