单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 关于低精度的空间平台，虽然目前新课题采用的比例变少了，但是其仍然具有独特的优势，所以不会被淘汰，而且之前测了很多的visium数据，很多仍然未发...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 大家学一个组学的内容，一定要全面并且逻辑完整，例如单细胞，从拿到fastq数据开始，自己就能一步一步按照思路往下做，整个形成一套完整的分析逻辑，...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 前面我们完成了动力学模拟，做了一些基础的分析，但是在数据分析的过程，需要我们分析更多的情况。 接下来我们就要做一些之前动力学模拟之后的相互作用分...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 人生总是有各种坑，而坑基本都是别人带来的，大家很多时候并不想走极端路线，协商一下解决了，日后还可以合作，一旦突破底线，对于一个有家庭要养，有房贷...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 这一篇我们继续分子动力学，对蛋白配体复合物的NVT、NPT预平衡。 先来看NPT预平衡 平衡蛋白质-配体复合物与平衡任何其他蛋白质水溶液体系一样...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们分享顶刊，包含visium、visium HD、Xenium 5k。 知识积累 临床背景与挑战： TNBC占乳腺癌的10-20%，缺乏三...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 每一个组学内容都很多啊，都需要花费大量的时间学习，学习的最好阶段就是学生阶段，你的导师就是你的伯乐，像我这种社会底层人员，纯纯没事干，学了有没有...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 其实所谓的生信培训，并没有什么新鲜的东西，就是以下几点： 1、总结文献思路 2、汇总分析特点 + 具体案例。 3、代码实现。 没有什么特别的，...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 生活到处都是坑，越来越觉得，结婚真的是沉重的负担，如果所在城市没有房子，给孩子上的户口居然是集体户（我在太原），怪不得都不想结婚了，根本没办法结...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 这一篇我们汇总信息，把市面上常见的空转平台，其生成的空间坐标与实际的空间距离之间的关系。 为什么要做这个？因为大家分析niche的时候，需要人为...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天这一篇我们需要用之前Gaussian16 + antechamber 生成的mol2文件生成Gromacs需要的gro文件。 我们用两种方法...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 前面一直分析，想要采用Gaussian一步计算完优化 + 频率 + 生成gesp文件，事实证明不可取，必须拆分两步。 不能一步获取的原因也很简单...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 前面我们采用Gaussian16处理配体分子生成ligand.gesp，这个过程相当耗时间，而且对参数、服务器的配置要求都比较高，有没有一种更加...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 从25年培训到如今，visium HD无论是项目经验还是文献思路都有了极大的丰富，很多在25年培训中关于HD穿插的项目经验都得到了验证，也有了很...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 这一篇我们需要更新一下华大空转的通讯分析。 思路有两种，我们先来看第一种，主要来自Stereopy。 最开始需要我们整理数据，整理的格式尽量和v...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 假期结束，牛马上线。 无论什么时候，希望大家都保持乐观的心态，30岁以后确实和20多岁很不一样，有了家庭孩子，事业各方面都容易受挫，磕磕绊绊；生...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 五一假期这就算结束了，大家过的开心么？ 科研的压力通常是很大的，最近通报了一批学术不端事件，包括南开大学生命科学学院的院长、四川大学研究员等，当...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 五一我没有出去，因为在家带娃，女宝，生孩子住医院如果大家医保一直交的话，是不需要花钱的，国家统筹了，如果跟我一样gap了，那就需要自费了，我看了...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 配体分子是非标准残基，而Gromacs没有小分子的力场参数，所以需要我们自己拟合小分子的参数，也就是生成配体拓扑。 现在必须处理配体。为某些分子...