单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 这一篇我们继续分子动力学。 NPT预平衡密度值与标准结果不同，是因为与压力有关的性质收敛一般很慢，因此运行NPT平衡的时间可以适当延长一些。 经...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 马上五一了，大家有什么打算么？买到票的可以回家住几天，决定留在单位的，周围可以转转，别去那些景点，放假的时候是个景点都人满为患，科研人员没安排的...

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作者，Evil Genius 有粉丝说以我为榜样，首先我自己非常开心啊，有人认为我可以做榜样;但实际上我这能力做不了榜样，我93年的，马上35岁了，该有的什么都没有，至今都是...

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作者，Evil Genius 有人问我天天这么学习有用么，这个看你指什么方面了，如果是学习本身，掌握了新的知识，那有点用；但如果说的是学习之后能不能挣钱，让生活好起来，这个我...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们更新脚本，量化不同状态之间的空间关系。 我们解析一下： 对于visium，直径是55um，一个spot内部是co-localizatio...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 其实大家如果了解过多组学，每个组学对基因的分类其实是有差异的，基因组会将基因分为原癌基因、抑癌基因、免疫正相关基因、免疫负相关基因、同源重组缺陷...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 人生有很多挫折的事，每个人都一样，大家能做的就是面对，想要杜绝是不可能的。 今天我们继续分子动力学：NVT和NPT预平衡。 也是分两步走：第一步...

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作者，Evil Genius 我们做生信分析，永远离不开生物背景，很多导师穷其一生只研究一个蛋白的作用，可见我们对于生物的认知，其实距离还很远。 任何时候，尤其硕士博士，哪怕...

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作者，Evil Genius 今天我们分享文献，多总结总结关于HD的分析思路，HD的文章比起2025年6月培训的时候已经多太多了。 知识积累 癌症通常需要数年时间才会发展形成...

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作者，Evil Genius 现在高精度的空间转录组已经发展到覆盖到全基因了，大家觉得能跟上么？ 而且开始推完全定制的版本，确实厉害 当然了，这种产品研发离我们很远，我们都只...

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作者，Evil Genius 今天我们继续分子动力学：能量最小化 也是需要分两步进行 首先我们要学习进行MD的参数设置，em_real.mdp 其中；后面是注释信息。 首先能...

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作者，Evil Genius 今天我们分享文献 据说研究了7年，大家有定力钻研一个课题7年么？扪心自问我没有。 很多时候都是这样，年轻的时候挣钱只是时间问题，现在想挣钱，时间...

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1. 酮体代谢途径 第一阶段：肝脏中的酮体生成 (Ketogenesis) 当人体处于饥饿、长时运动或某些病理状态（如心力衰竭）时，肝脏开始大量制造酮体。 脂肪酸动员与转运：...

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作者，Evil Genius 今天我们继续分子动力学：平衡电荷。 前面的过程我们设置了溶剂盒子并添加溶剂，生成了solv.gro文件。 这个过程分两步走。 第一步：gmx g...

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作者，Evil Genius 大家一定要擦亮自己的眼睛，最近公司都在疯狂的为visium HD做广告，如下图这些： 大家作为硕士博士的科研相关工作者，考验大家的时候到了，公司...

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作者，Evil Genius 有粉丝问下面的结果可以复现么？ 其实技术的问题从来都不是问题。 关于高精度空转的CN分析分享的已经很多了，而对于niche的基因表达差异，也分享...

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作者，Evil Genius 有人说，人生低谷期就是在救你的命，可是一直低谷，一般人也是受不了。 今天我们开始分子动力学第二步：定义单位盒子和添加溶剂。 上一步我们生成了蛋白...

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作者，Evil Genius 大家想做科研么？如果致力于科研，努力读博有个编制吧，反正以我的经验而言，有个保底才行。 我们无法同时拥有青春和成熟的心态，无论什么情况下，大家都...

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作者，Evil Genius 大家的生活顺利么，怎么感觉我每走一步都是坑呢？ 大家有机会进课题组，进编制，赶紧努力进，按照目前这个内卷的程度，90后00后只会面临越来越难的局...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们来实现虚拟筛选。 第一步，处理蛋白质PDB文件，注意这时候的PDB分子已经进行了去水处理（pymol），其中去除水分子的注意事项。 当P...