作者，Evil Genius 今天我们汇总一下空间转录组的三种分析模式。 首先单变量分布模式 :分析关注单个变量的空间分布，而不考虑与其他变量的关系。 其意义在于识别并量化单...
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内容汇总--空间转录组的三种分析模式 -
知识扩展-高精度空转（HD、Xenium、CosMx）banksy数据增强的意义作者，Evil Genius 大家先看看下面HD的分析示例，供大家思考。 之前一直有一个问题就在于高精度空转的banksy聚类与数据本身聚类的之间的异同。 目前文章采用ban...
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知识扩展--癌症治疗领域KRAS抑制剂新格局作者，Evil Genius 盗版商们，你们卖盗版无本万利赚了很多钱了，也该到用你们的时候了，pyrosetta和Gromacs的全系列中文教程，我觉得你们当仁不让。 多组学...
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文献分享--淋巴结的宿主定植通过支持转移耐受的免疫抑制成纤维细胞-髓系细胞微环境引发组织重塑作者，Evil Genius 2026年马上就要过去一个月了，时间真的太快了，离35岁越来越近了。 今天我们分享文献 知识积累 淋巴结定植可能通过调节肿瘤浸润淋巴结内外的免疫...
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知识扩展--分子亚型和细胞亚型的异同与联系作者，Evil Genius 有人问我持续学习还能坚持多久，我自己也不知道，干一天是一天吧，不用羡慕我这样的人，因为工作生活的不如意才会这样，要是有个安稳的工作，完成工作就好...
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多组学扩展---分子对接pyrosetta作者，Evil Genius 从最新的2026搜集的文章来看，基因组 + 单细胞空间 + 分子对接/分子动力学的多组学趋势明显。 分子动力学模拟GROMACS[https:/...
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文献分享--单细胞整合与多模态分析揭示结直肠癌中中性粒细胞的表型特征与空间组织分布作者，Evil Genius 老家躺平中。。。。 昨晚没通宵，今天要回村里了，在同学这儿玩了好几天了。 服务器操作、linux、R、python的基础大家过关了么？老东家诺禾...
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文献分享--IGSF11-VISTA 是弥漫性中线胶质瘤中一个关键且可靶向的免疫检查点通路作者，Evil Genius 农村老家躺平中。。。 最近两天一直在同学的台球厅里待着，管吃管住免费玩，想几点睡几点睡，想赖床就赖床，连lol都在同学的带领下都破天荒的上了白金...
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Xenium文献分享--异常细胞群构成慢性阻塞性肺疾病的疾病异质性基础作者，Evil Genius 农村老家躺平中。。。。 关于疾病的研究，从基因组到转录组，到如今的空间组，每个组学都有其独特的角度，那么空间组研究的空间细胞结构关系对疾病的影响...
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Cellular neighborhoods in cancer作者，Evil Genius 新生人口792万，人口负增长339万，GDP增长了5%，按照这个推理，每个人平均收入应该增长了5.1%，我呢是负的70%，谁把我平均了能告诉我一...
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基因组+单细胞--弥漫性大B细胞淋巴瘤的生物学变异轴向作者，Evil Genius 分享文章之前，大家对基因组 + 单细胞的联合分析思路有了解了么？ 单细胞分析的CNV可以和WES的CNV分析相互对应么？ 比较维度WES-CNV...
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文献分享--成纤维细胞TGFβ信号的空间模式构成类风湿关节炎治疗抵抗的基础（Xenium 5k）作者，Evil Genius HD好还是xenium好？xenium特别贵是真的。 有人问我天天看文献不觉得无聊么，说实话了，啥也不做就会感觉到焦虑，看文献这会儿注意力转移了...
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关于R版本的inferCNV的脚本保留作者，Evil Genius 相信大家也都看到了，inferCNV被弃用了，不再更新了，但是其实R版本的inferCNV的结果还是很准确的，算法方面也非常精细，大量高分文章引...
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关于HD数据细胞通讯分析的思路解读作者，Evil Genius 大家珍惜学生时代，或者在课题组的时光，背靠课题组，无论是学习技能还是发表文章，都有课题组“托举”，如果还能给点经费学习技能就更好了；而且课题组都...
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文献分享--甲状腺癌进展过程中的空间转录组图谱作者，Evil Genius 最近失眠了，睡不着，有点焦虑，多看看文献吧。 分享文献之前大家先知道一下这个 今日分享文献，复旦大学的文章，好学校果然不一样。 大家手里还有vi...
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第10篇HD文章--单细胞与空间转录组学揭示肾损伤后促炎促纤维化微环境的形成作者，Evil Genius 睡不着，看看HD文章吧。 visium HD技术经历了将近2年的沉淀和积累，感觉要迎来一波小的“爆发”了，敢第一批吃“螃蟹”的人要收获一定的成果...
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脚本更新--cell2location联合结果多样本的细胞niche分析（R版本）作者，Evil Genius 我相信大家慢慢也感觉到了，关于visium低精度的数据分析，方法和脚本已经非常成熟了，成熟了就意味着完整的一套流程要出来了，以后大家在公司分析v...
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文献方法分享--组织图谱揭示了免疫组织模体的特化及其被肿瘤所劫持的过程作者，Evil Genius 大家有时候是不是觉得自己的工作没前途，看不到希望？对未来感觉到很迷茫？其实我也有，干啥啥不顺的时候，这种想法就会抬头，主要也是不知道接下来干什么...
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脚本更新--整合有效分数(ES)、成对细胞互作(PCI)及细胞邻域(CN)分析的多层空间分析作者，Evil Genius 今天周日，更新一下脚本。 首先我们要知道几个概念 有效分数（ES）：图上给了计算公式，邻域细胞数/目标细胞数，邻域细胞越多，ES值越大，那也就是...
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第九篇HD文章--前哨淋巴结中的淋巴管因乳腺癌发生重塑作者，Evil Genius 关于HD的文章，从24年下半年开始大量引入，到如今接近1年半的时间了，发表的文章并不算多，其实跟visium刚开始引入国内的情况差不多，最大的卡...