今天的推文继续重复论文中的原图 在简书 土豆学生信 分享的内容看到这篇论文 简书的链接是 https://www.jianshu.com/p/bbf9cb13b41a[htt...
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跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2画气泡图（dotplot）展示基因表达量 -
Juicer: 辅助基因组组装
Juicer: 辅助基因组组装 导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. 介绍...
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LASTZ说明文档（一）LASTZ说明文档(v1.04.15, Aug27 2021 build)本文参考自LASTZ发行版[http://www.bx.psu.edu/~rsharris/last...
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ANOVA test内容 ANOVA 定义 使用ANOVA目的 三种常见的ANOVA R中应用ANOVA ANOVA 定义Analysis of variance缩写成为ANOVA。中文叫做，变...
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随笔 | 近日二三乐事初建办公环境 去年寒假，基本每个星期都在贵广飞来飞去。到贵阳时，除了带娃，还是要搞一些工作。一直用笔记本远程办公，多少还是不太方便，尤其是笔记本用着用着会发烫，似乎有点对不起...
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ShortStack的安装与运行安装 ShortStack依赖的软件包括perl、samtools、bowtie、bowtie-build、gzip、RNAfold，检查了一下，服务器中都符合要求，不需要额...
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[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可视化1、富集分析的背景知识 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分析1、富集分析的背景知识 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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Flask数据模型：使用flask-sqlalchemy操作数据库摘要：Flask，flask-sqlalchemy flask-sqlalchemy概述 SQLAlchemy是一个基于Python实现的ORM（对象关系映射）框架，使用关系...
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads
把read比对到基因组之后，需要提取唯一比对来进行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都没有只输出唯一比对的命令，所以需要对比对结果sam文件进行提取，可以通过sam...
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关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤
前言 很多关注我这个专题的朋友都在后台留言，说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的，确实这是一个比较重要的问题。第一，过滤到一些低质量的SNP可以防止calling一些假阳性...
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不再更新
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R 数据可视化 —— circlize chordDiagram 高级用法前言 默认风格的 chordDiagram() 已经可以满足大部分需求了，下面我们介绍一些更高级别的图形配置 使用 1. 轨迹的排布 chordDiagram() 函数默认会...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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经典机器学习算法的极简实现（Python+NumPy）大三的时候曾花两个星期学习了几个经典的机器学习算法，学习方法主要是白天参考《统计学习方法》推导公式，晚上利用公式编写实现。在参考GitHub上算法实现时，我发现其中大多数都比...
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