转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。因此我们可以通过...
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知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测 -
基因家族分析一(NBS基因家族鉴定)一：准备文件 1. 拟南芥的基因组，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜寻pep文件 3.利用clustalw进行多序列比对，构建物种特定的NB-ARC...
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群体遗传学习笔记-基因型缺失数据的填充
Genotype Imputation是在高通量测序中常出现的定义，按照义译就是基因型填充。要真正理解imputation这个概念，我们就需要先理解基因型缺失（genotyp...
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Python读取大文件的"坑“与内存占用检测python读写文件的api都很简单，一不留神就容易踩”坑“。笔者记录一次踩坑历程，并且给了一些总结，希望到大家在使用python的过程之中，能够避免一些可能产生隐患的代码。...
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【非模式种转录组】二、下游分析R语言篇这里是佳奥！我们继续非模式种转录组的下游分析。 上篇我们拿到了raw count矩阵，但是我们还缺少很多东西，让我们一步一步来。 1、选择合适方法标准化表达矩阵 2、GO/K...
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ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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单体型网络的构建——Haplotype Network基本概念 单体型：又称单倍体型或单元型，是个体组织中，完全遗传自父母双方中某一亲本的一组等位基因。拥有特定SNP的个体常常在附近某一特定变异位点拥有特定等位基因，这种关系叫做...
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ggplot分组散点图-坐标轴截断-添加四分位图-显著性检验近日在《The new england journal o f medicine》杂志看到一篇文章的图，如下，这种图应该是用GraphPad prism做的，图的特点是散点统...
