麦冬花儿

很多植物转录组学文章中，都有整合激素相关基因和表达数据的pathway图，直观地展示通路及其中重要基因的位置和功能。最经典的两种形式，一是用不同颜色直观展示pathway中的...

粥粥zz

一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...

嘿嘿嘿嘿哈

本节概览：从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵；样品的重命名和分组；counts与TPM转换；基因...

一口亅

正反馈调控机制 在高等植物中，CHG DNA甲基化与组蛋白H3K9me2修饰之间是通过DNA甲基转移酶CMT3和KYP之间的强化环调控的。 CMT3与含有H3K9me2的核小...

生信start_site

这篇文献是于2019年发表在Nature reviews molecular cell biology（影响因子55）的一篇综述。主要介绍了DNA, RNA和组蛋白甲基化在衰...

名本无名

一、ggplot 相关系数图 前言 相关系数图是对相关系数矩阵进行可视化的，用于展示多组变量之间的相关性。 根据数据的分布特征，可以应用不同的相关系数计算方法，如 pears...

xuzhougeng

写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐...

晓佥

EMMAX 下载：http://csg.sph.umich.edu//kang/emmax/download/index.html解压后即可直接用 前期需plink准备输入文...

生信石头

写在前面 这两三天，主要是优化了 TBtools 的一些可视化功能。其中包括 JIGplot 的增强。有一定的效果。改动很多，也有不少新的思路和实现，但能用文字写出来，或者写...