做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本ID的第14和15位是>=10还...
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3大差异分析r包：DESeq2、edgeR和limma -
基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler仅针对人类而言。虽然一直对GO和KEGG不感冒，但流程化的分析还是要做的。主要包括两部分： 将基因编号转为ENTREZID(具有唯一性）：基因编...
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seurat-AverageExpression()源码解析前段时间，一个单细胞分析同行提问，发现AverageExpression()和通过aggregate计算得到的基因表达均值，两者的结果是不一样的...
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GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集...
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ggplot2学习（五）ggplot2基础（5）——配色与图例 参考《R数据可视化手册》、《R绘图：一文了解ggplot2颜色的设置[https://zhuanlan....
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R语言数据处理替换操作（含gsub函数常用示例）——实战单细胞信息注释函数 2022-07-01
适用背景 在R语言中，我们需要对字符串、向量和数据框等数据类型进行替换操作，有时候是因为需要更换别名，有时候是因为数据存在错误需要修正，有时候则...
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R语言图片之间的保存和导出1.图片保存 图片保存的几种方法： 1.1 基础包作图的保存1.2 ggplot系列图(包括ggpubr)通用的简便保存 ggsave1.3 p...
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R 数据可视化 —— grid 系统（二）前言 在前面一节中，我们主要介绍了如何使用 grid 来生成图形输出，以及图形窗口的布局。利用这些知识，可以很容易地为图形添加注释，编写一些简单...
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