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非模式物种的一种简单版的go，kegg富集 -
2021-11-16：基因富集方法比较介绍 从集合角度考虑同一类型基因的功能性区别，这也是基因富集分析的出发点。单个基因解析生物学功能还是偏弱，说服力不够。 过表达分析ORA富集基因...
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如何优雅展示GO富集结果图片好像加载不出来，可移步：https://blog.csdn.net/qq_38774801/article/details/11495256...
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富集分析的原理与实现
一般做完差异分析都会做这一步，目的是找到差异基因富集到的通路，进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单，这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个...
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3大差异分析r包：DESeq2、edgeR和limma做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本ID的第14和15位是>=10还...
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GSVA + limma进行差异通路分析
一般我们做GSEA都是先进行差异基因分析，然后取差异倍数排序结果进行GSEA。但如果你没有条件进行差异基因分析也可以进行GSEA，这就是ssGS...
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一文极速读懂 KEGG 数据库
目录 一、介绍 在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。 ...
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edgeR对表达量矩阵进行基因表达差异分析通过前期的基因定量，我们通过**RSEM**或者Kallisto这些工具得到了每个基因或者转录本的表达量矩阵。输出的矩阵包含了基因以及在各个样本...
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GSEA-基因集富集分析1.为什么写？ 网上教程一抓一大把，有的能重复，有的不能重复不了，很多原因。别人能做的不代表你能复制，实践出真知。 不做搬运工，只写有用的，防止...
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「代码记录」WGCNA篇Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代码，实现了导出gene2module 目的 最近有个项目又准备跑WGCNA，...
专题公告
GO, KEGG, GSEA, WGCNA, and so on...
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