1. 下载Cisbp数据库中的motif文件 (1) 下载文件 CISBP数据库[http://cisbp2.ccbr.utoronto.ca]...
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如何从CisBP数据库生成ArchR使用的Motif PWM文件 -
联合 RNA 和 ATAC 分析：SNARE-seq引言 本文[https://stuartlab.org/signac/articles/snareseq]将带您分析一个单细胞联合检测数据集，该...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得...
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Chip-Seq&ATAC-Seq 测序分析流程--上游写在前面 这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块，但是都只是介绍了常规的分析流程。因此，在面对具体课题的下游分...
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Genrich：ATAC-seq,ChIP-seq 差异富集peak calling分析工具教程
Genrich介绍 Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集（即peak calling）的生物信息学工具。它主要用...
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Nature Genetics | 全基因组筛选鉴定染色质开放性调控因子【导语】 2024年2月15日，来自日本Kanazawa University的Yusuke Miyanari课题组在《Nature Genet...
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个性化ChIPseeker注释peak结果，基因 or 功能区类型随心选，好用的脚本等你来取ChIP-seq、ATAC-seq等获取到基因组范围内的peak后，需要对其进行基因注释以便进行后续的分析。ChIPseeker做为peak...
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生信分析7：如何利用ATAC-seq数据鉴定转录因子活性前一篇推送解读了2022年发表在DC上的关于拟南芥再生的文章。文章种利用TOBIAS鉴定了转录因子的活性。本次推送将介绍这款软件的原理及使用。 ...
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【ATAC-Seq 实战】三、比对与Peaks Calling这里是佳奥！我们继续clean数据的比对。 1 使用bowtie2进行比对 用bowtie2进行比对和统计比对率, 需要提前下载参考基因组然后使...
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单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scAT...
专题公告
分析方法流程
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