学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MMPBSA分析都没有尝试过。乘着...
投稿
收录了34篇文章 · 75人关注
-
Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA计算结果展示
-
Parameters in DPD (Dissipative Particle Dynamics) model and the units conversion
by Yawei Liu @Sydney, Australia 2020/01/15 DPD model In the DPD model, ...
-
Packmol安装时make错误
Packmol是分子模拟中最常用的搭建初始构型的软件。轻便、快捷的特性使其在诸多建模软件中脱颖而出。不过近日在Win10的Linux子系统中安装...
-
PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹
翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标 主要是熟悉PLUMED...
-
CGenFF产生小分子Charmm力场拓扑文件
CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本，下载链接如下： cgenff_charmm2gmx_py3.py ——20...
-
GMX中常见小错误汇总
长期更新 2018.10.29 Q: gmx genion命令：往溶剂中添加离子时报错："No line with moleculetype S...
-
CPPTRAJ聚类/团簇分析教程
by Daniel R. Rose原文地址 从分子动力学模拟中确定结构布居(structure populations)的一种方法是聚类/团簇分...
-
gromacs使用额外水模型
在我们MD中我们有时候很少进行水模型的选择，很多时候我们对于不要求精确的体系使用spc水模型，对于相对要求精确的模型一般使用tip3p模型，对于...
-
GMX中墙与冻结组的设置
GROMACS分子动力学模拟计算过程中，常需设置二维的周期化条件与冻结组，下面简要介绍一下这两种设置的实现与注意事项： 二维周期化条件通常是配合...
-
Rosetta系列-FloppyTail构建蛋白柔性尾转载请联系，且保留链接 使用这个代码需要蛋白具有长的柔性尾，在晶体结构中是缺失的，生物化学证据表明已知结合伴侣上尾部的特定结合位点.该代码旨在模...
专题公告
分子动力学模拟学习过程中的一些资料翻译和心得；
放在这里可能有些不合时宜，但也希望能遇到同行相互交流学习；
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/289303/android.graphics.Bitmap_66adb6b.jpeg', '推荐专题《分子模拟》（ 分享自 @简书 ）','http://39.103.169.235/c/b1eaa74357af?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}