简介 在单细胞数据分析中，如何对跨不同实验、条件、批次、时间点或其他技术因素的单细胞测序数据进行多样本整合仍然是一个重大的挑战。需要新的计算方法...
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simspec：基于细胞簇谱系相似性整合单细胞数据 -
plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4...
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【函数整理版】从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象2022-06-15
适用背景 昨天写的文章[https://www.jianshu.com/p/8a81071571d9]介绍了Anndata对象转成Seurat对...
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从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14
关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jiansh...
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OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html[ht...
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【单细胞全图谱】小鼠全组织的单细胞图谱今天分享另外一篇关于小鼠的全组织单细胞图谱。它是由来自美国斯坦福大学的一个研究团队组建了一个名为Tabula Muris的小鼠细胞信息的开源数据...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细...
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Harmonypy解析scanpy也可以使用harmony，但是其实调用的Harmonypy这个包,其实使用的话倒是比较简单，就是下面这些命令，但是我不是很关心这个，...
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【转录组学】featureCounts软件中的length是怎样计算的？
分析过程 以rela基因为例，featureCounts结果文件“all.id.txt”中提供的信息为： 接下来用R语言进行分析:1. 提取fe...
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基因长度并不是end-start需求 tpm、fpkm这样的数据，计算公式里都有“基因有效长度”，有些地方直接叫基因长度。之前计算这些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把这...
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