1.R包GEOquery进行下载整理GEO数据 根据文章找到所需的芯片信息GSE29250 得到文件 表达数据exprs<-exprs(gse[...
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GEO数据下载 -
细胞生物学重点1.细胞内膜系统:细胞中在结构发生和功能上有一定联系的膜结构的总称。 2.粗面内质网的功能:信号肽介导蛋白质的合成 蛋白质的装配和折叠 蛋白质的...
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TCGA和GEO套路文章解说文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多时候，我们想找一个好点子，比如性状，疾病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工...
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这篇基因家族分析文章凭啥发7分（new phytologist）？详解看看有啥不一样！
所周知，基因家族分析是一个研究思路，同时也可以自成一篇文章。不过大部分基因家族套路式文章影响因子在2-4分，但最近一篇小麦MADS-box家族文...
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GEO数据挖掘系列文-生信技能树
GEO数据挖掘系列文-第一期-胶质母细胞瘤http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mi...
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GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌） TCGA GEO
今天我们介绍一篇稍高分数的文章，来看一下生信挖掘文章如何发更高档次的杂志。这篇文章是利用GEO和TCGA数据挖掘宫颈癌预后相关的关键基因，201...
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GEO数据挖掘小尝试：（一）寻找共同差异基因在使用Bioconductor 分析芯片数据（一）中我们使用的是芯片的原始数据（即*.cel文件）进行分析，但在大部分情况下我们是可以利用GEO...
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R语言GEO数据挖掘：步骤四：富集分析KEGG,GO
1.读取第三部存储数据（基因差异表达情况） 2.设定阈值计算基因上调下调数量 3.ID转换 4.得出差异基因 5. KEGG pathway a...
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R语言GEO数据挖掘：步骤三：进行基因差异分析进行基因差异分析 1.读取数据 2.检测数据 3.为每个数据集绘制箱形图，比较数据集中的数据分布（单一某个基因分析） 4.对某种基因在样本中的表...
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复现：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程，但是发现了几个不一样的地方，所以重新整理流程，代码主要...
专题公告
生物信息學（英语：bioinformatics）利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。 生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。
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