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单细胞时代
15篇文章 · 8281字 · 2人关注
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    10x HD图片配准

    目前经手的10x HD数据，基本上都要进行图像配准。建议先人工对齐，然后再进行spaceranger分析，以免分析完成后发现对不起齐，还要在调整...

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    空间转录组-多样本数据合并分析

    1. 读入单个样本 2. 合并数据 这里补充一点更新：合并空间数据后hvg怎么处理？从github上参考作者回复，有个函数来生成整体的hvg Y...

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  • 多组cellchat数据分析

    1. 合并多组数据 2.绘制两组circle图 3.绘制两组bubble图 更多详情，可查看官方说明Comparison_analysis_of...

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    scDRS

    MAGMA安装 下载linux版本，在服务器解压即可使用。 数据准备 gene location数据image.png reference da...

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  • 使用GWAS分析与疾病相关的细胞类型

    数据准备 https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143[https://zhuanlan.zhihu.com/p...

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  • DecontX - 去除单细胞转录组数据中环境RNA污染

    DecontX是一种通过去除RNA测序数据中非细胞信号的工具，它适用于单细胞RNA测序数据和高通量RNA测序数据。https://github....

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    细胞通讯iTALK使用 - 获取pathway LR信息

    使用方法参考大佬写的就行 https://www.jianshu.com/p/dfe35a2a02d4[https://www.jianshu....

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    空间转录组-如何手动选择区域

    通常的空间转录组分析是基于降维聚类划分cluster，再进行cluster细胞注释。或者使用反卷积工具与单细胞转录组联合分析得到spot中细胞比...

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  • gene symbol 与 entrezid 转换

    参考Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)[https://blog.csdn.net/weixin_40739969/article...

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