Linux环境下软件安装

本教程整理自生信小白第3天-linux的App Store (qq.com)

Bioconda

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1.背景知识

conda最初为管理python包而建立，为涵盖许多领域的软件包管理器。
anaconda相对conda软件包较少。
miniconda主要负责生信领域。

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2.miniconda下载与安装

（1）下载

第一步：百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

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=》进入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
=〉接下来，查看服务器基本情况（多少位）：输入命令uname -a
=》安装最新版本（latest）
=〉右键-复制下载链接

第二步：在Windows Subsystem for Linux Bash或Mac的Terminal，或Linux Server，复制链接，通过wget下载

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wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #miniconda官网链接
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh #清华链接

一般可直接下载Python 3.6 版本的，conda会自动给你安装python 3版本。

sh是脚本（即一个程序，为后台代码）文件的后缀，即使安装失败，脚本无需重新下载依旧可用。

（2）安装

a.安装使用
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
b.一直输入enter，直到出现

Do you accept the license terms? [yes|no]
选择Yes!

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安装成功的显示：

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c. 出现了路径的配置，可输入自己箱安装的路径

输入:/home/你的用户名/.bashrc
★安装完后需要source ~/.bashrc激活环境变量

3.安装miniconda后操作

conda #显示出conda的相关信息则表示安装成功
conda list #显示conda的相关命令

#配置镜像文件
#镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，会导致国内下载软件速度慢，因而配置镜像，从镜像网站下载，可加快下载速度
#后加的优先级更高
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
#清华源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/               
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/                      
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
#USTC源，更稳定
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
#查看channels
conda config --get channels
#移除某个channels
conda config --remove channels

4.软件安装

#软件安装
conda install 软件名称
conda install cutadapt -y #-y为yes，表示安装过程中conda的问题全部回答为yes
#软件更新
conda update 软件名
#不确定软件名称，可先使用搜索，如
conda search fastqc
#安装特定版本软件（部分软件新版本bug较多，可能需要使用老版本，可指定版本号），如
conda install bwa=0.7.12
#卸载软件
conda remove fastqc -y

5.conda卸载

#第一步：卸载文件夹
rm -rf ~/miniconda3
#第二步：在环境变量中去掉conda
vi ~/bash_profile #删除conda路径，退出保存
#vim 中移动光标比如到第9行，使用dd就可以快速删除整行
#第三步：删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

6.conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目，每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也有版本要求。按照项目需求定制不同的分身有助于实战。

#查看conda环境（带*的就是默认的）
conda info --envs 

举例如下：需要处理转录组，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是由于有的软件是基于python开发的，并非要求学python)

#创建conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #-n代表name
#查看conda环境
conda info --envs
#激活环境
conda activate rna-seq
#推荐环境
conda deactivate