今天时间太赶了,实验安排的不合理了,快十二点了才做完,结果还不好,无语住了,所以今天的笔记写的略有些凌乱了
首先上思维导图:
DAY3 思维导图
今天主要的主题是linux环境下的软件安装和使用
下载与安装
下载
百度搜索 miniconda 找到下载最新版的地址 复制链接
附下:miniconda 清华镜像地址
登录服务器 cd ~/biosoft
进入biosoft目录
wget
安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活
source ~/.bashrc
激活软件
conda
验证
添加镜像
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用
安装和卸载软件
conda list
查看当前服务器上安装的所有软件
conda install fastqc -y
安装fastqc 软件 所有的问题均为yes
fastqc --help
查看fastqc软件的帮助文档
conda remove fastqc -y
卸载 fastqc 软件 所有问题均为 yes
这里卡住了 但是太晚了 明天再解决 报错如下
conda remove 报错图示