学习小组Day3笔记--刘水水

今天时间太赶了,实验安排的不合理了,快十二点了才做完,结果还不好,无语住了,所以今天的笔记写的略有些凌乱了
首先上思维导图:

DAY3 思维导图

今天主要的主题是linux环境下的软件安装和使用

下载与安装

下载

百度搜索 miniconda 找到下载最新版的地址 复制链接
附下:miniconda 清华镜像地址

登录服务器 cd ~/biosoft 进入biosoft目录
wget

安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

激活

source ~/.bashrc 激活软件
conda 验证

添加镜像

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用

安装和卸载软件

conda list 查看当前服务器上安装的所有软件
conda install fastqc -y 安装fastqc 软件 所有的问题均为yes
fastqc --help查看fastqc软件的帮助文档
conda remove fastqc -y卸载 fastqc 软件 所有问题均为 yes

这里卡住了 但是太晚了 明天再解决 报错如下

conda remove 报错图示

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