在linux中安装软件
Day3.png
安装conda（miniconda即可）
- 登陆服务器
- 输入命令：uname -a（查看自己的服务器是哪个版本）
- 进入网站：miniconda找到符合自己服务器的版本，右键复制下载链接
- 安装：进入biosoft目录
wget 复制的下载链接
bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
注：
在安装过程，会出现很多版权信息，按回车跳过他们，再输入yes——按Enter键。
在安装成功后，激活！！！
source~/.bashrc
在命令行输入conda（若出现一大段文字，即安装成功）
- 添加镜像：
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels
https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels
https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels
https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels
https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
- conda list：查看当前服务器上安装的所有软件列表
- conda install fastqc -y ：安装软件
- faste --help：确定是否安装成功
- conda install fastqc -y：卸载软件
设置不同的conda环境
- conda info --envs：查看conda当前环境
- conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y：创建名为rna-seq的新conda环境
- conda info --envs：再次查看当前环境
- conda activate rna-seq：激活环境
- conda deactivate：退出当前环境
