一、写在前面
今天是加入生信星球零基础学生信之旅的第三天了，昨天已经熟悉了Linux操作系统的十几个常用命令代码，今天的学习任务是进一步学习如何在Linux系统安装生物信息学分析的软件，本次课的内容依旧干货满满，诚意满满的！特别感谢生信星球的花花姐的指导！
二、思维导图
零基础学生信Day3.png
三、实操练习过程记录
1、miniconda的下载
1.1 查看服务器的配置：uname -a
由查询结果我们可知，我们的服务器为64位操作系统，即64-bit (x86_64)。
umane-a.png
1.2 使用必应搜索 “miniconda 清华”并复制网址
miniconada.png
网址.png
1.3 使用命令进行下载：wget
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget.png
2、miniconda的安装
2.1 使用安装命令 ：bash
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash.png
2.2 miniconda的激活：source ~/.bashrc
source ~/.bashrc
conda
source-bashrc.GIT.png
2.3 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
3、conda的使用
3.1 服务器的软件查看：conda list
conda list
lis.png
3.2 安装fastqc软件
conda install fastqc -y
qc.png
3.3 查看fastqc帮助文档 ：fastqc --help
fastqc --help
help.png
3.4 fastqc 的卸载
conda list
conda remove fastqc -y
conda list
前后两次对比，我们发现，fastqc软件确实被卸载了！
fa.png
li.png
4、进阶：conda 环境 “conda environment”
4.1 查看当前虚拟环境：conda info --envs
conda info --envs
info.png
4.2 创建一个新的虚拟环境：conda create -n name
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs
这个代码的意思是：建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic。
3.png
4.png
4.3 切换不同的虚拟环境：conda activate name
conda activate rna-seq
5.png
4.4 退出虚拟环境：conda deactivate
conda deactivate
6.png
四、结语
经过今天的学习，初步掌握了如何在Linux操作系统中安装生物信息学分析所用的软件以及工具，我深知这些都是最基础但也是最核心的东西，是让我们战胜恐惧的第一步，更多的Linux系统知识还得自己去深入探究。至少，我现在已经出发了！感谢生信星球所给予的学习机会！最后，今天的小确幸，花花姐小小地表扬了我所写的学习笔记。哈哈哈哈，开心。
