如果对中世纪的博洛尼亚大学进行定义，可称之为学生自治的大学，并最终于13世纪过渡到一种教授(或和行政宗教官员一起)领导的大学，即今天的大学体系。当时，学生通过契约的力量，通过组织进行自治。这些组织的起源是各种形式的同乡会，包括法兰克人、日耳曼人、盎格鲁人、西班牙人等20多个同乡会，他们联合为两个具有法律人格意义的公会，组织形式称为universitas (一个罗马法上关于社团的术语)。这样的社团组织使学生们在行政上有效地管理自己，对外则通过签订协议保证整体的权益，包括与市政府，与教会、与教师之间的协调。该大学开创的这种学生自治的大学制度，在欧洲大学纷纷出现的13世纪却渐渐没落,转向如巴黎大学和牛津大学这样由教授进行管理的现代大学模式。但这种学生自治模式毕竟是一种发端于教育自由和学术独立思想之上的启蒙制度，在今天虽然已经没有制度上重新复原的可能性，但其背后朴素自然的人文理念在教育制度的改革中仍然有指导意义。
该校设15个学院:数学、物理、自然科学院、法学院、师范学院或称教育学院、经济贸易学院、人口与统计保险学院、工程学院、政治学院(含社会学和哲学)、农学院、医学院、文学与哲学院(含历史和艺术影视传媒)、兽医学院、医药学院、心理学院、建筑与文物保护修复学院。有37个学部和93个研究中心。
现有235个专业，其中包括132个初级本科专业，95个高级本科专业和8个欧盟合作项目本科专业。
该校师资力量雄厚，教学设施先进。各学院都有自己的实验室和电化教室，文学部有自己的天文台，医学院设有各科的临床诊所。辅教系统相当完备，如图书馆、博物馆和档案馆等。其中，图书馆就分为校级、学院级、学部级、研究所级和研究中心级。校级图书馆隶属于意大利文化部，藏书包括14、15世纪的图书版本和将近万册的古籍;学校有举世闻名的历史档案馆。为方便老师教学与学生实践，大学配备30个博物馆和一个植物园，被人们称为“博物馆大学”。
