一、Pymol处理蛋白：
获取对接的受体蛋白 pymol> fetch 6sj4
删除多余的链 pymol> remove chain B
删除水分子 pymol> remove solvent
将处理后的蛋白输出为pdb格式 File>Export Molecule
再将输出的pdb文件在该网站https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/model.html的Prepare PDB file for docking programs进行优化
二、获得pdb格式的配体文件
1、可以从Pubchem下载sdf，Pubchem没有了就在ChemDraw里绘制，用Chem3D打开后转为pdb文件，也可以用OpenBabel转换
2、在Pymol中把PDB文件中的所有氨基酸、金属离子、溶剂删除，只留下配体，再另存为pdb文件
打开AutoDockTools，设置默认工作目录
