- apt-get安装velvet软件（需要sudo权限）
apt-get安装velvet
# sudo apt-get install velvet
#测试是否安装成功
velveth
- velvet的运行安装
#step 1: velveth接受输入的文件，产生一个hash表；生成两个文件：Sequences和Roadmaps
velveth velvet_out 31 -shortPaired -fastq -separate /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz
# Step 2: velvetg进一步组装基因组
velvetg velvet_out -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
- 源代码编译安装velvets
apt-get默认安装的velvet最大km值只有31；源代码编译安装的话可以修改这个值到127y
#源码编译安装velvet
#cd ~/Biosofts/
#wget https://github.com/dzerbino/velvet/archive/refs/heads/master.zip
# 上面这个链接没有测试过，大家试试
tar zvxf /disk1/shares/velvet_1.2.10.tgz -C ~/Biosofts/
cd ~/Biosofts/velvet_1.2.10/
make 'CATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=127' 'LONGSEQUENCES=1' 'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'
./velveth -h
- 比较不同kmer值对velvet组装结果的影响
nano kmerselection.sh
#输入如下代码
################################
#!/bin/bash
Data1=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz
Data2=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz
Velvet_dir=~/Biosofts/velvet_1.2.10
for k in `seq 23 8 127`;do
mkdir velvet$k
$Velvet_dir/velveth velvet$k $k -shortPaired -fastq -separate $Data1 $Data2
$Velvet_dir/velvetg velvet$k -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
done
############################
./kmerselection.sh
