1. 背景介绍
edgeR是一个R软件包，也转录组差异表达分析中常用的工具，主要关注的是差异表达基因，甚至可以进行无重复的差异表达分析。它的作用对象是readcount文件，行代表基因，列代表样本，数值代表的是比对到每个基因的reads数目，不能使用rpkm/fpkm/tpm等表达量统计文件进行分析。除了生成差异表达结果文件外，edgeR工具还可以直接绘制火山图，使用更方便。
工具链接：http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/SoftPage/EDR
2. 操作方法
2.1. 上传文件
需要输入的文件包括基因数据表和分组文件，文件必须为tab-delimited保存的txt格式，基因数据表必须是整数
可以使用凌恩生物转录组结题报告中的readcount数据表，位于结果文件夹中，名为genes.read.txt，每一行代表基因，列代表样本，值代表比对到每个基因的reads数，示例文件如下。
分组文件同样为制表符分隔的txt文本文件，第一列为样本名，第二列为分组名，示例文件如下：
在wps、word等软件中，使用excel输入数据，保存数据时有制表符分隔的txt文本文件和Unicode文本txt两种格式，请选择制表符分隔的txt文本文件
注意：从上至下首先出现的分组为处理组，示例文件中为AvsB（A为处理组，B为对照组）
2.2. 设置参数
同时还需要设置分析的FDR值和FC值阈值，默认以FDR<0.05&|FC|值≥1定义显著差异基因，其中当FC=1时，相当于2倍差异倍数，FC=2时，相当于4倍差异倍数
上传文件并设置阈值后，点击“提交”按键，开始分析
2.3. 查看任务
提交任务后，点击界面右侧的“历史任务”模块，或者点击界面“我的任务”，都可以查看任务编号、软件名称和状态等信息，点击任务编号，即可查看分析结果。
在任务详情界面，展示的是任务参数、结果文件列表和在线调整图片3个区域，提供结果文件下载和在线调整图片功能。
3. 结果文件
结果文件包括差异表达倍数表、差异基因总表、上调基因表、下调基因表和根据差异基因总表绘制的火山图，点击下载列的眼睛图标即可在线查看文件内容。
edger.xls差异表达倍数表（sig列除down和up外，还显示none）：
edgeR.select.xls差异基因总表（sig列仅显示up和down的基因）：
edgeR.up.xls上调基因表（仅up的基因,sig列只显示up）：
edgeR.down.xls下调基因表（仅down的基因，sig列只显示down）：
火山图：每个点代表一个基因，其中蓝色的点代表显著下调基因（down），红色的点代表显著上调基因（up），灰色点代表无显著差异基因（none）
4. 在线调整图片
通过数据布局参数、颜色参数和字体参数三个模块在线调整图片。
数据布局参数：重新设置FDR值和FC值阈值、XY轴范围、是否绘制分界线、图片清晰度和尺寸
颜色参数：自定义分界线和数据点颜色（一般文献默认蓝色为下调红色为上调灰色为无显著差异基因，也可以自行调整上下调基因配色）
字体参数：XY轴字体大小、主标题大小、自定义XY轴标题和主标题
注意事项：
在线调整区域参数只能对图片展示效果进行调整，不能调整表格文件
