15世纪初期之前，巴黎大学有许多特权。但学生经常罢课、打架，反对教皇的监督，拒绝国王的监护。于是，1437年国王查理七世撤销巴黎大学的税务特权。1445年撤销巴黎大学的法律特权，将其置于议会的管辖之下。1449年罢课权被取消。
1789年法国大革命后，法国以“帝国大学”对所有大学教育机构作中央集权式的管辖，巴黎大学遂名存实亡。直至19世纪末，才渐渐恢复中世纪时的声望。
“二战”后，随着法国经济的恢复和民主运动的发展，巴黎大学不断扩大。法国社会各个方面经过战后20多年的发展已有巨大变化，而高等教育仍然沿袭中央集权的管理模式，影响了高等学校的活力，难以适应社会需求。
1968年巴黎大学发生学潮，学生抗议课程落伍及填鸭式的教育，要求改革陈腐的教育制度，获得学术自由和校园民主。随着形势的发展，政府审时度势，改革高等教育，同时对巴黎大学作一连串的改组和调整，组成13所大学。
