LAMP引物设计的要点

1. Tm值

F1C、B1C、LF、LB的Tm值65℃(64-66℃)

F3、F2、B3、B2的Tm值60℃(59-61℃)

2. 引物末端稳定性

F3、F2、LF、LB、B2、B3 引物的 3‘ 末端,F1C和 B1C引物的 5’末端 6个碱基的自由能改变值 δG ≤ -4kcal/mol。

3. GC含量

引物GC含量40-65%,最好50-60%。

4. 二级结构

引物设计的时候要防止形成二级结构,这一点是十分重要的,特别是内引物。

5. 引物间的距离

F2引物5‘端到B2引物5'端距离(扩增的区域)约为120--160bp;

F2引物5‘端到F1引物5’端距离(成环的区域)约为40--60bp;

B2引物5‘端到B1引物5’端距离(成环的区域)约为40--60bp;

F3引物3'端到F2引物5’端距离约为0--60bp;

B3引物3'端到B2引物5‘端距离约为0--60bp。

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