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韦恩图本来是不想说的，因为很简单，也有在线工具，然而还是有小伙伴询问如何制作韦恩图，那种韦恩图的元素大小用不同大小的圈表示，在线工具可以实现：http://www.biovenn.nl/index.php
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但是架不住很多人问R语言如何做，所以还是说一下韦恩图的R画法。同时，也将这个内容升级一下，平常我们见到的韦恩图最多也就是4个集合，但是当大于4的时候，韦恩图可以画出来，可是可视化的效果乱七八糟，导致结果没有任何意义。所以这里也提供一种不一样的集合元素的展示方法，本质是韦恩，但是在展现方式上更加具有优势。
一、R语言绘制韦恩图---集合元素多少用不同大小的圈表示
绘制这种韦恩图需要用到的是Vennerable包：
install.packages("devtools",repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
library(devtools)
install_github("js229/Vennerable")
library(Vennerable) #加载
之后准备数据并读入，每个集合是一个list：
setwd("E:/生物信息学/转录组韦恩图")
A <- read.csv("韦恩图.csv")
Set1 <- as.list(A$Set1)
Set2 <- as.list(A$Set2)
Set3 <- as.list(A$Set3)
example <-list(Set1=Set1,Set2=Set2,Set3=Set3)
画图：
Veenplot <- Venn(example)
Veenplot<-Veenplot[, c("Set1", "Set2", "Set3")]
plot(Veenplot, doWeights = TRUE)
image.gif
这个有一个缺点是颜色不能自定义，但是可以通过导出pdf格式，在AI或者PS中进行修饰即可。
二、Upset绘制不一样的韦恩图
Upset绘制的图在本质上还是韦恩图，只是展示的方式不一样，也是结合元素之间的关系。对于多个集合的比较效果较好。
安装R包：
devtools::install_github("GuangchuangYu/UpSetR")
library(UpSetR)
准备数据：
Set1 <- as.list(A$Set1)
Set2 <- as.list(A$Set2)
Set3 <- as.list(A$Set3)
Set4 <- as.list(A$Set4)
Set5 <- as.list(A$Set5)
example <-list(Set1=Set1,Set2=Set2,Set3=Set3,Set4=Set4,Set5=Set5) # 合并列表
example <- fromList(example)#Upset 自带函数转化数据结构
setsBarColors <-c('#EA4335', '#FBBC05', '#34A853', '#4285F4', '#68A180')# 设置集合颜色
一键画图：
upset(example,
nsets=length(example),
nintersects = 1000,
sets = c('Set1','Set2',"Set3","Set4","Set5"),
keep.order = TRUE,
point.size = 3,
line.size = 1,
number.angles = 0,
text.scale = c(1.5, 1.2, 1.2, 1, 1.5, 1),
order.by="freq",
matrix.color="#4285F4",
main.bar.color = 'black',
sets.bar.color=setsBarColors)
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制作完成。
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