ABBA-BABA检验是一种用于识别基因流的方法，它基于四群体模型，其中包括两个与第三个群体（P3）密切相关的群体（P1和P2），以及一个外群（O）。
在ABBA-BABA检验中，并不是直接检测P1和P3之间的基因流，而是通过比较 P1 和 P3 或 P2和 P3 之间的基因流的相对量来区分不完全谱系分选（incomplete lineage sorting）和基因流。
检验的基本原理是，如果存在基因流，那么在比较 P1 和 P3 或 P2 和 P3 时，会观察到一个群体的衍生等位基因（allele）通过基因流出现在另一个群体中。这种基因流会在基因组中留下特定的模式，即 ABBA 或 BABA 模式的位点。这里的 "A" 代表祖先等位基因，而 "B" 代表衍生等位基因。
ABBA模式：如果 P1 群体中的衍生等位基因 B 是通过基因流从 P3 群体中获得的，那么在 P1和 P3 之间会观察到较多的 ABBA 模式位点。
BABA模式：相反，如果 P2 群体中的衍生等位基因 B 是通过基因流从 P3 群体中获得的，那么在 P2 和 P3 之间会观察到较多的 BABA 模式位点。
如果检验结果显示显著的 ABBA 或 BABA 位点过量，这可能表明在过去发生了基因流。Z 得分（Z-score）用于统计显著性测试，如果Z得分大于某个阈值（如3.9，对应P值小于0.0001），则认为基因流是显著的。
