臣伏见夏阳侯瑰每存忠善，前与臣言，常有尽节之心，检敕宾客，未尝犯法。臣闻王政骨肉之刑，有三宥之义，过厚不过薄。今议者欲为瑰选严能相，恐其迫切，必不完免，宜裁加贷宥,以崇厚德。
刘肇，是汉章帝刘炟第四子。其母梁贵人是褒亲愍侯梁竦之女。建初四年（79年），生下刘肇。后梁贵人被窦皇后诬陷，忧郁而死，窦皇后亲自抚养刘肇，视如己子。建初七年（82年）六月十八日，汉章帝废皇太子刘庆为清河王，改立刘肇为皇太子。
章和二年（88年）二月三十日，汉章帝去世，皇太子刘肇继位，即为汉和帝，尊嫡母窦皇后为皇太后，因刘肇年幼，由窦太后临朝称制。
窦太后把哥哥窦宪由虎贲中郎将提升为侍中，掌管朝廷机密，负责发布诰命；让弟弟窦笃任虎贲中郎将，统领皇帝的侍卫；弟弟窦景、窦环均任中常侍，负责传达诏令和统理文书。
窦太后将政权统于自己一人之手，独断专横，强予决策。对于伐北匈奴，尚书、侍御史、骑都尉、议郎等等都极力上谏，鲁恭甚至指责窦太后“奈何以一人之计，弃万人之命”，群臣也没有挡住太后为袒护窦宪而出兵。汉军在经过稽落山之战、伊吾之战、河云北之战、金微山之战四次战役后，重创北匈奴。“北单于震慑，屏气蒙毡，遁走于乌孙之地，而漠北空矣。”北匈奴单于不知所踪，其弟右谷蠡王於除鞬自立为北匈奴单于，在蒲类海“款塞乞降”。蒲类海，毗邻东汉的伊吾。窦宪利用这一时机“遂复更立北虏，反其故庭，并恩两护”，群臣对于漠北匈奴是否应该如南单于故事，继续设立匈奴中郎将都护北单于；还是让南单于吞并北单于，持有不同意见。但由于窦宪奏请设立，窦太后不顾大多数人反对，同意奏请。以耿夔、任尚二人为匈奴中郎将，助於除鞬单于返回漠北匈奴故地，东汉都护南匈奴、西域的同时兼任都护北匈奴。
窦氏父子兄弟同为九卿、校尉等职，遍布朝廷。穰侯邓叠和他的弟弟步兵校尉邓磊及母亲邓元、窦宪的女婿射声校尉郭举、郭举的父亲长乐少府郭璜相互勾结在一起，邓元、郭举二人出入官廷，郭举得到太后的宠幸，于是共同策划杀害刘肇。和帝暗中了解到他们的阴谋。当时窦宪兄弟专权，和帝与内外臣僚们隔绝，所能接触的不过是宦官而已；和帝认为，朝臣上上下下没有不依附窦宪的，独有中常侍钩盾令郑众，谨慎、 聪明、有心计，不奉事窦氏豪党，于是就与郑众密谋杀窦宪等人。因窦宪屯驻京师之外，怕他作乱，所以忍而未发。恰好这时窦宪与邓叠都返回京城。此时，清河王刘庆特别受到刘肇的恩遇，经常进入宫廷，留下住宿。和帝即将采取行动，希望能看一下《前汉书·外戚传》，害怕左右走漏消息，不敢让他们去找，就让刘庆秘密向千乘王刘伉借，夜晚独自收藏起来；又让刘庆给郑众传话，搜集皇帝杀舅父的故事。
永和四年（92年），六月二十三日，和帝来到北宫，下令执金吾和北军五校尉领兵备战，驻守南宫和北宫，关闭城门，逮捕郭璜、郭举、邓叠、邓磊，将他们全部送往监狱处死。派谒者仆射收回窦宪的大将军印绶，改封为冠军侯，与窦笃、窦景、窦环一并前往各自的封国。和帝由于太后的缘故，不想公开杀死窦宪，选派严苛干练的封国宰相监督他。窦宪、窦笃、窦景到封国后，都被迫自杀。
当初，河南尹张酺，屡次用严正的法令惩治窦景，等到窦氏失败，张醺上疏说： “当窦宪等人宠贵时，群臣阿谀，都说窦宪受先皇帝托付，怀有伊尹、吕尚的忠心， 甚至还把邓夫人比喻为文王的妻子。现在朝廷威严已经实行，都说应当诛杀，不再考虑前后所说的话来考察他的行为。我看到夏阳侯窦瑰总是存在忠诚善良的心，从前和我交谈，常有忠诚心意，检点告诫宾客，从未犯法。我听说圣王的政治对亲人的刑罚，有三次赦免的义理，宁可宽厚，不可苛刻。现在议论的人希望为窦瑰选派严厉能干的相， 我恐怕他会遭遇迫害，必定不能免去一死，应当裁决略加宽容宥赦，以增加天子的厚德。”和帝被张醺的话所感动，窦瑰一家才得以保全。窦家宗族宾客因为窦宪的关系而做官的，都被免官回郡。
班固与窦宪关系密切，因而受到株连，被免职。当初，班固的奴仆曾经在醉酒时骂洛阳县令种兢，种兢借机罗织罪名，大加陷害。班固被捕入狱，同年死于狱中，年六十一岁。和帝得知班固已死，下诏谴责种兢公报私仇的恶劣做法，并将害死班固的狱吏处死抵罪。班固曾经编写《汉书》，还没有完成，于是皇上下沼让班固的妹妹曹寿的妻子班昭继续完成它。
在一举扫平了外戚窦氏的势力后，刘肇开始亲理政事，每日临朝听政，深夜批阅奏章，从不荒怠政事，故有“劳谦有终”之称。刘肇当政时期，曾多次下诏赈济灾民 、减免赋税 、安置流民 、勿违农时，并多次下诏纳贤 ，在法制上也主张宽刑 ，在西域复置西域都护 ，平定西域诸国，降服南匈奴 。
汉和帝十分体恤百姓疾苦，多次下诏理冤狱、恤鳏寡、矜孤弱、薄赋敛，告诫上下官吏反省造成天灾人祸的自身原因。元兴元年（105年），垦田面积达732万多顷，为东汉之最，户籍人口达5325万多人。 刘肇亲政期间东汉国力达到鼎盛，时人称为“永元之隆”。
元兴元年（105年）十二月二十二日，汉和帝病死于京都洛阳的章德前殿，时年二十七岁。 刘肇驾崩后，他出生仅一百余日的儿子刘隆继位，次年改元延平，是为汉殇帝。延平元年（106年）三月初五日，葬刘肇于慎陵，上庙号为穆宗，谥号孝和皇帝。
