1 差异表达基因与 maker 基因的关系
单细胞注释使用的 marker 基因与差异表达分析得到的上调基因高度一致，两者可以相互印证确保注释结果和差异分析的可靠性。但不是所有的 DEG 都可以作为 maker 基因，注释时使用的 maker 基因更加注重“细胞类型特异性”和“生物学知识”，而不仅仅依赖统计显著性。例如，maker 基因不一定是 DEG 中最显著的，而且全局高表达的基因并不适合做 maker
常规的注释流程为：
① 聚类 → ② 算法找 marker（即 cluster-specific DEG） → ③ 与已知 marker 对照 → ④ 注释
2 Seurat::FindMarkers 获得的 DEG 示例
Regulatory T cells 的差异表达基因
NK cells 的差异表达基因
T cells 的差异表达基因
Pct1：该基因在目标 cluster（如 T cells ）中，有多少比例的细胞表达该基因
Pct2：该基因在非本 cluster（所有其他细胞）中表达的比例
参考
https://www.jianshu.com/p/15dddefc7038
本文由mdnice多平台发布
