培根相信他有方法能够把归纳化成一种比这要高明的东西，例如他希图发现热的本质。据他设想，热是由物体的各个微小部分的快速不规则运动构成的，他的方法是作出各种热物体的一览表，各种冷物体的表以及热度不定的物体的表，他希望这些表会显示出各种特性。在热物体总有，在冷物体总无，而在热度不定的物体有不定程度的出现，凭着方法他指望得到初步先具有最低级普遍性的一般法则。由许多这种法则，他希望求出有二级普遍性的法则，等等，以此类推。如此提出的法则必须用到新情况下加以检验，假如在新情况下也管用，在这个范围内便得到证实。某些事例让我们能够判定按以前的观察来讲均可能对的两个理论，所以特别有价值，这种事例称作特权事例。
培根不仅瞧不起演绎推理也轻视数学，大概以为数学的实验性差，他对亚里士多德怀着恶毒的敌意，但是给德莫里德莫克里特非常高的评价他虽然不否认自然万物的历程，显示出神的旨意，却反对在实地研究各种现象当中掺杂丝毫目的论解释，他主张一切事情都必须解释成由治校因必然产生的结果。
培根对自己的方法的评价是他告诉我们如何整理科学必须依据的观察资料。他说我们既不应该像蜘蛛从自己肚里抽丝结网，也不可像蚂蚁单只采集，而必须像蜜蜂一样又采集又整理，这话对蚂蚁未免欠公正，但是也足以说明培根的意思。
培根哲学中一个最出名的部分就是他列举出他所谓的幻象，他用幻象来指让人陷入谬误的种种坏心理习惯。
他举出4种幻象:
种族幻象～是人性当中固有的幻象，他特别提到指望自然现象中有超乎实际可循的秩序这种习惯
洞窟幻想～是个别研究者所持有的私人成见
市场幻象～是关乎语言虐制人心，心意难摆除话语影响的幻象
剧场幻象～是与公认的思想体系有关系的幻象。
在这些思想体系当中，不待说亚里士多德和经院哲学家的思想体系就成了他的最值得注意的实例。这些都是学者们的错误，就是以为某个现成死套在研究当中能代替判断。
尽管培根感兴趣的正是科学，尽管他的一般见解也是科学的，他却忽略了当时科学中大部分正进行的事情。他否认哥白尼学说，只就哥白尼本人讲，这还情有可原，因为哥白尼并没提出多么牢靠的议论。但是开普勒的新天文学发表在16 09年，开普勒总该让培根信服才对。吉尔伯特对磁性的研究是归纳法的光辉范例，培根对他倒赞赏，然而他似乎根本不知道近代解剖学的先驱维萨留斯的成绩。出人意料的是哈维是他的私人医生，而他对哈维的工作好像也蛮茫然不知，固然哈维在培根死后才公布他的血液循环发现，但是人们总以为培根会知道他的研究活动的。哈维不很高看培根，说他像个大法官似的写哲学，假使培根原来对公名利禄不那么关切，他当然会写得好一些。
培根的归纳法由于对假说不够重视，以至带有缺点。培根希望仅只把观察材料加以系统整理，正确假说就会显明毕露，但事实很难如此。一般讲，设假说是科学工作中最难的部分，也正是少不得大本领的部分。迄今为止，还没有找出方法能够按定规创造假说，通常有某种的假说是收集事实的必要先决条件，因为在对事实的选择上要求，有某种方法确定事实是否与题有关。离了这种东西，单只一大堆事实就让人束手无策。
演绎在科学中起的作用比培根想的要大，当一个假说必须验证时，从这假说到某个能由观察来验证的结论往往有一段漫长的演绎程序，这种演绎通常是数理推演，所以在这点上培根低估了数学在科学研究中的重要性。
单纯枚举归纳问题到今天依旧是悬案。涉及科学研究的细节，培根排斥单纯枚举归纳，这完全正确。因为在处理细节的时候，我们可以假定一般法则，只要认为这种法则妥善，就能够以此为基础建立起来多少还比较有力的方法。穆勒设出归纳法是条规范，只要假定因果律成立是条规范，都能用来有效，但是穆勒也得承认，因果律本身又完全在单纯枚举归纳的基础上才信得过。科学的理论组织化所做到的事情就是把一切下级的归纳归拢成少数很概括的归纳，也许只有一个这样的概括的归纳，因为被许多的事例所证实，便认为就它们来讲，合当承认单纯枚举归纳。这种事态真不如意到极点，但是无论培根或他的任何后继者都没从这局面中找出一条出路。
