conda简单介绍
miniconda=python+base packages
anaconda=miniconda+150high quality packages
miniconda下载与安装
1.下载与安装
2.配置miniconda
3.conda环境
4.下载需要使用的软件
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
## 安装好conda后需要设置镜像。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda info --envs
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
使用miniconda（以fastqc为例）
conda install -y fastqc trimmomatic
conda 补充
1.所谓的会污染环境等等问题可能都是将大量的软件直接安装在conda的base环境中引起的，只要养成好的使用习惯，灵活使用conda create 命令将不同的软件安装到自己单独的虚拟环境中就可以了。
2.输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢？
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate。
chmod 777 activate
. ./activate #这里的第一个点跟source是一样的效果
3.镜像合集
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
##北外镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
下面这个我没用过, 但是看起来像是R的频道, 可以添加一下试试看.
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
##另一些国内镜像
conda config --add channels https://mirrors.nju.edu.cn/anaconda/
conda config --add channels https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/
#显示安装的频道
conda config --set show_channel_urls yes
#查看已经添加的channels
conda config --get channels
#已添加的channel在哪里查看
vim ~/.condarc
