1588年1月17日，戚继光离世，此时距离他被劾罢官已过去三年，他依旧未得到万历皇帝的谅解，根源就在于他与张居正的紧密关系。回顾明朝武将群体，戚继光的经历并非个例，诸多将领都壮志难酬。
像他的朋友俞大猷，同样有着重塑明朝军事力量的宏伟志向，却屡次遭到参劾和申斥 。卢镗被拘禁后遭斥革；汤克宽被拘释放后戴罪立功，最终在塞外牺牲，戚继光部下的胡守仁，王如龙等将领也受到革职或戍边的处分。
明朝文官与武将之间存在着难以调和的矛盾。文官秉持孔孟之道，将维持各方平衡视为施政根本，把动用武力当作失败的象征，他们的观念里，力量不能成为权威，地区特殊经济利益应被压抑，天灾引发战争更是无稽之谈，灾民暴动被看作是小人犯上作乱。而武将因训练和战争经历，养成了截然不同的气质。他们需要具备精准的选择能力与决心，追求实效，不畏惧极端，冲锋陷阵时全力猛攻敌人重点，退守防御时注重地形与工事，战斗胜利后一心扩大战果 。
这种观念上的巨大差异，使得文官在精神上轻视武官，在实际作战中，还常对高级将领无理指责，若将领果断投入战斗，会被指责为贪功轻进，好勇嗜杀。若按兵不动等待战机，则被说成畏敌不前，玩敌养寇。
而且，军队给养由文官控制，一旦出现问题，责任却往往由将领承担。明朝重文轻武的风气由来已久，自洪武时期就已初现端倪，大约百年后文官集团成熟，武官社会地位降至历史低点，这与明朝一元化的政治组织以及以孔孟之道为思想基础密切相关。
戚继光能在军事上取得成就，有着诸多特殊因素。由于东南沿海倭寇严重威胁明朝社会稳定，而常规政府军无力应对，朝廷批准戚继光组建新军。戚家军在一定程度上可视为戚继光的私家军队，在兵源上，他只招募农民，认为城市居民狡猾无赖；在纪律、训练和战法等方面也都有自己的主张。
例如，他创立的鸳鸯阵，一个12人的步兵班，人员和武器配置精妙，包括队长，火夫，藤牌手，狼先手，长枪手和镗把手等，各成员分工明确，紧密协作，根据地形和敌情还能灵活变化为两仪阵和三才阵等。
在训练上，他注重用辩证法原理分解动作，使士兵熟练掌握各种姿势和原则，同时强调佯攻的重要性。尽管戚继光认识到火器的重要性，在实战中也运用过，但因诸多复杂因素，如后勤保障，国家体制等问题，他仍将鸳鸯阵作为主要战术，把火器应用限制在有限范围。
戚继光能够取得成功，离不开张居正、谭纶等人的支持。张居正作为首辅，在政治上为戚继光提供庇护，谭纶作为地方大员，也在诸多事务上助力戚继光。在他们的支持下，戚继光得以在蓟州总兵的位置上发挥才能，让蒙古大军知难而退。然而，张居正死后，戚继光受到牵连，先是被调离，最终落寞死去，这也凸显了他作为武将在明朝政治环境中的孤独与无奈。
从宏观角度看，明朝以文官为主导的军事组织体系对军队建设产生了极大的负面影响。当时世界各国军事不断进步，而明朝却原地踏步。虽然张居正、谭纶、戚继光等人在不破坏固有体系的基础上，探索出一些试图改变国家命运的道路，但终究无法改变明朝的历史走向，明朝的组织架构严重阻碍了军队战斗力的提升，这也为明朝后期在面对内忧外患时的无力埋下了伏笔 。
