学术论文一经提交首先由执行编辑（managing editor）进行初步筛选，如果论文在与期刊主题相关性、原创性以及质量上有重大问题则很快会被直接拒稿，不经过审稿，虽然这对辛苦科研的学者来说是个打击，但这种情况下编辑大都注明原因，回复的速度也较快，作者可以根据情况投稿其它期刊。
过了编辑的第一关，稿件将被送至两个以上审稿人进行同行评审（peer review），审稿人要从专业角度客观辩证的研究论文是否适合被发行，并最终写出建议。编辑的担子依旧没有卸下，他们要阅读审稿人的报告，做出最后决定。极少数的论文会在初审之后得到“采用稿件”（manuscript acceptance）或是“细微修改”（minor revision）的回复，“修改重新提交”（revise and resubmit）是较常见的结果，当然也有经审稿后遭到拒稿的情况。进行修改时，则需细致阅读审稿人提出的建议，点点俱到的修改，并在修改报告中仔细写出哪一处做了怎样的改动。
然而在这整个过程中最令人头疼的是漫长的等待时间，期刊与期刊之间也甚大。加利福尼亚大学（University of California）的计算生物学学生就研究了PubMed搜索引擎中所有标明了投稿日期和同意采用日期的论文，他发现在过去30年间，这个平均等待时间保持在100天上下。但单一期刊的等待时间则可能发生了较大的变化，比如据估计过去十年间《Nature》期刊的等待时间从85天增长到了150天；《PLoS ONE》涨幅更大，同时期从37天增至125天。但与此同时，自2000年至2015年从同意采用到发表的周期却从50天左右降至了25天，学者认为这得益于发达的出版技术。
审稿速度缓慢的原因并非只有一个。科研人员经常埋怨期刊编辑指导不够清晰，同行评审速度的降低显然也是一个因素，蒂尔堡大学（Tilburg University）的另一统计显示科学公共图书馆（PLoS）系列期刊的同行评审速度在过去十年中慢了一倍。加利福尼亚大学另一位生物学家的观察显示这不仅是由于稿件的增多，也因为每篇论文的数据量与过去相比增大了。
同行评审耗时耗力，快速的审阅多靠审稿人的热情和善意，学术界也有些许担忧愿意免费付出时间和精力的审稿人会越来越少。一个行为经济学期刊则开始尝试一个全新的方法想要促使审稿人加快审稿 – 公开排序审稿人的速度，以此来激励大家更快的完成审阅，但这一实验却没有被学术界广泛认可，有人认为这更打消“免费劳动”的积极性。
也有实验测试其它可以加速同行评审的方法，比如给审稿人提供小金额的金钱奖励（例如$100）或者公开发布审稿耗时，这些实质奖励和公共名誉的吸引力都在一定程度上激励了审稿人加速。因此伦敦出版社Veruscript就在2016年决定要给予审稿人小额现金来认可他们的付出。可见出版社也在为提高审稿速度而不懈努力。
另外值得一提的是，作者本人可能也给论文发表速度打了折扣。学者大都认为知名的期刊是对论文质量更高程度的认可，也能加速自己的科研事业，因此从最富盛名的期刊开始选投，经过一轮或几轮的拒稿才能顺利找到期刊发表，因此选对期刊也可以缩短等待周期。
最后，不少年轻研究员在漫长的等待中不知所措，建议如果投稿后等待时间超过了六个月，则应该请教其他给同一期刊投过稿的同事，并且可以用客气的措辞给责任编辑发个邮件询问情况。
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