生信学习小组Day3 -- ldj

linux学习之软件安装

  • 配置 conda（app store）

  • 试装 conda 内的软件


    生信星球
Linux软件安装.png
  1. 下载地址https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
    (可选以上的三种conda, 以miniconda为主可满足大部分需求）
  2. 根据服务器版本选择适合的 app, 查看版本的命令uname -a
  3. 安装miniconda流程（安装过程，注意遵循提示）
  • 下载wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • 安装 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • 激活 source ~/.bashrc
  1. 配置镜像（提高下载速度）
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
  1. app里搜索软件conda search fastqc fastqc为例 （可看到该软件的所有版本）
  2. 安装 conda install fastqc -y(y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
    指定特定版本号conda install fastqc=0.11.7 -y
  3. 查看是否安装成功 fastqc --help即看该软件的帮助文档是否弹出
  4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

配置分身环境，做不同的project

  1. 查看当前环境 conda info --envs(前面带*的就是当前默认的)
  2. 设置名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3（具体的python版本看具体软件的依赖环境）conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  3. 激活该环境 conda activate rna-seq
  4. 退出该环境 conda deactivate
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