公元184年，张角秘密传令各地教徒在三月五日这天同时起义，他们以"苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉"为口号，兴兵反汉。但是却在预定起事的前一个月，内部出了叛徒，由于叛徒的出卖，张角不得不派人告诉各方起义军提前起义。各地纷纷响应，起义大军犹如燎原之火迅速燃遍了全国。起义军杀害官吏，烧毁他们的官府、四处抢夺，短短一个月内，东汉上下七州二十八个郡都先后发生了战事，黄巾军势如破竹，勇猛异常，各州郡纷纷失守，吏士大批逃亡，声势震动了京都。
汉灵帝见这次农民起义这么厉害，急忙派军镇压起义，在三月戊申日任命何进为大将军，率领左右羽林五个营的士兵，驻扎在都亭，整点武器，镇守京师。
同年四月，朱隽军被黄巾将领波才打败，不得不撤退，皇甫嵩只好和他一起进入长江防守驻扎，奈何又被波才率大军团团围住，汉军刚经过败仗，士兵数量有了一定的下降，而且士气相当的低落。与此同时，汝南的黄巾起义大军在邵陵打败了汝南太守赵谦，广阳黄巾起义军杀死了幽州刺史郭勋和太守刘卫，黄巾军的势力越来越大，并没有因为汉室的镇压而呈现出一点点败退的迹象。
公元184年5月，汉灵帝见皇甫嵩被围困，就派曹操率军前去救援。而这个时候，被围困的皇甫嵩发现每天傍晚时分都会刮起大风，见这种情况，他急中生智，命令士兵手持火把暗箭在傍晚夜幕大风的
为了彻底地镇压叛乱，公元188年3月，汉灵帝接受了刘焉的建议，将刺史改为州牧，派宗室和大臣前往管理，让他们拥有各自的地方军政权，以便加强各个州牧之间地方的政权实力，更好更容易地控制地方，有效地清剿黄巾军余孽。然而正是因为汉灵帝的这次下放权力，助长了各个地方军拥兵自重，群雄之间互相攻击，形成了逐鹿中原的局势，甚至东汉皇帝在这群雄眼中已经没有了任何的威慑力，无视他的存在，所以黄巾起义不仅是促使东汉走向灭亡的导火线，也拉开三国时代的序幕，促使政府大赦党人，令许多文人、官吏得以重新掩护下出城，将堆砌在黄巾军营寨周围的杂草点燃，皇甫嵩振臂一呼，所有士兵立即进入了战斗状态，城上也点燃了大量的火把与之相应，皇甫嵩命人击鼓助战，冲入敌阵，黄巾军毫无准备，军士大乱，四处奔走逃命。又正巧遇上曹操率领的援军，黄巾军被皇甫嵩、朱隽和曹操三面夹击，无法突围，被斩杀数万人，汉军获得了这次战役的胜利。
起义失利的情况下，张角只好撤到广宗做进一步地修整，卢植为了加强防御，防止起义军攻占，就派人建筑拦挡、挖掘壕沟、制造云梯。当时正好碰上灵帝派左丰前来视察军情，有人就劝卢植去贿赂左丰，和左丰搞好关系。但卢植为人耿直不屈，坚决不肯向左丰进行贿赂，左丰对卢植大为不满，心怀愤恨。左丰回京后便向灵帝诬告卢植备战松散，作战不力。灵帝听了大怒，就派人用囚车将卢植押回了京师。面对广宗缺守的情况，汉灵帝唯有下诏再一次地重新调整战略布局，命令皇甫嵩率兵北上东郡，朱隽则倾全力攻打驻扎在南阳的赵弘，而董卓则是代替了卢植的官位。
各地纷纷起义的乱事虽然被暂时平息，但是汉室的威信也遇到了一次严重的打击，汉灵帝没有吸取教训改革政事，反而继续贪图享乐，不理朝政。于是，大乱虽被压下去，但是各地的小叛乱还在上演，并产生了许多分散势力。公元188年，黄巾军经过修整，逐渐恢复了实力，他们再次发动了起义，黄巾军各部纷纷起事响应。
