第一个问题：达尔文的自然选择指的是什么？
这本书让我第一次开始思考我们被从小教育的自然选择到底选择的是什么。我的第一反应是生物体或者是种群，但这本书从各种角度阐述了自然选择的单位只能是基因。
为什么不是人们甚至很多生物学家普遍认为的物种呢？作者从生命的起源出发，
首先我们看到的现在的生物种群不是最初的生命状态。最初的生命诞生在所谓的原始汤中。第一个复制基因的诞生使遗传进化成为可能。在以前，汤里很可能并不存在非常大量的某种特殊类型的复杂分子，因为每一个分子都要依赖于那些碰巧产生的结构特别稳定的构件。第一个复制基因一旦诞生了，它必然会迅速地在海洋里到处扩散它的拷贝，直至较小的构件分子日渐稀少，而其他较大的分子也越来越难有机会形成。哪些复制基因“繁殖”得更快呢？长寿，复制快，复制准确的基因会得到进化。
那么物种，包括人类在内是什么呢？按照作者的看法，我们都是同一种复制基因—即人们称之为DNA的分子—的生存机器。原始复制基因可能是一种同DNA相近似的分子；或者现代的DNA很可能夺取了原始的复制基因的生存机器，现代生存机器中已毫无它们的踪迹。所有的动植物都是由DNA组成，而DNA则是由A，T，C和G四种核苷酸组成。物种间巨大的不同是因为四种核苷酸缠绕交织在一起的顺序不一样。
DNA两个重要的任务，一个是复制，一个是控制蛋白质的合成。同原始复制基因一样。任何一个个体基因组合的生存时间可能是短暂的，但基因被看作染色体上任意一段遗传片段，片段越小，它通过一系列个体的延续生存下去的可能性就越大。生物个体作为基因临时的聚合体，在进化的过程中是不稳定的。所以认为某一物种比另一物种高尚是毫无客观依据的。不论是人类，还是蜥蜴和真菌，它们都经过长达约30亿年之久的所谓自然选择这一过程进化而来。
第二个问题：自私的基因意味着什么？ 它是如何表现，又是如何影响进化的？
首先作者强调：自私的定义是指行为上的，而不是指主观意识上的。这也就是说，自私并不意味着道德上的低劣。
基因的自私性最根本就表现在它与等位基因的竞争上。而与环境中的其他基因往往会形成合作关系。一个简单的例子比如，蓝眼睛基因会跟绿眼睛基因争取遗传进化的优先权，但他们跟身高、内脏等往往是合作关系。自然选择有利于那些能够控制其生存机器从而充分利用环境的基因，包括充分利用相同和不同物种的其他生存机器。
作为有基因控制的个体，很多时候都表现出合作的行为，这也是人们对“自私”不能接受的主要原因（除了道德原因外 ）。史密斯提出进化上的稳定策略（Evolutionarily Stable Strategy，ESS），简而言之，就是基因的目的是自我生存，所以在一个庞大而复杂的竞争体系内，除掉一个对手并不见得就是一件好事，其他的竞争对手很可能比你从中得到更多的好处。最后形成的稳定的行为策略应该是可以稳定延续基因寿命的方法。这种ESS很可能包括一些利他行为。
比如亲代之间的利他行为，或者相近种族之间的利他行为主要是因为他们有着相似的基因。而对于任何寄生生物而言，如果它将基因传递给后代的方式和宿主的基因相同寄生生物可以做的便是帮助其宿主生存并繁衍。随着演化进行，它将不再是一个寄生生物，而将与宿主合作，甚至最终融入宿主组织，完全无法辨认其原为寄生虫。整个人体也是可以看作这一机制下融合的产物。
生物是基因的生存机器虽然让人很难受，但我们进化出的大脑已经可以在某种程度上摆脱这种机制。像作者在说中提到的：想必宇宙的最终命运确实没有意义，但无论如何，我们真有必要将我们生命的希望寄托在宇宙的最终命运上吗？当然不需要，只要我们足够明智。我们的生命被其他更密切、更温暖的人类理想与感觉所控制。
