1. conda=Linux的应用商店
2. 如何下载安装miniconda
2.1.查看服务器多少位:uname -a
2.2.miniconda下载地址https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
2.3.下载:wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
2.4. 安装:bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装视频教程
2.5.安装成功标志:conda
2.6.添加镜像网站:
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes
3. 如何使用miniconda查看已安装的软件,安装和卸载软件
3.1.查看当前服务器安装的所有软件列表:canda list
3.2.安装fastqc:conda install fastqc -y
3.3.安装成功标志:fastqc --help
3.4.卸载fastqc:conda remove fastqc -y
4. conda 环境(问:具体要干什么,有没有实操案例)
4.1.查看当前conda有哪些环境:conda infa --envs
4.2.建立一个名叫ranseq的conda环境,指定python版本是3(这里还不懂):conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
4.3.激活新的conda环境:conda activate rna-seq
4.4.退出当前环境:conda deactivate