Linux环境下软件的安装

一、conda的安装

1、conda为Linux的“应用商店”，日常使用miniconda即可

图源：微信公众号 生信星球

2、谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

搜索结果

进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

输入命令 uname -a，查看服务器是多少位的

准备安装最新版本，右键复制下载链接

新建并进入biosoft目录（打出cd b，然后按Tab键自动补齐）

命令：wget 刚复制的下载链接（cmd+V粘贴）

3、安装miniconda

（安装不成功就将miniconda这个目录删除，然后从“怎么安装miniconda”开始重来）

（安装有问题，可以参考演示视频链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k）

输入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

出现版权信息，一直按enter键跳过即可

表示安装即将开始，输入yes

安装成功的标志

4、激活conda

命令：source ~/.bashrc

命令：conda

安装成功的界面

二、添加镜像

1、镜像网站相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

2、复制以下命令，到Terminal中粘贴

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

三、conda的使用

1、查看当前服务器上安装的所有软件列表，命令：conda list

2、安装软件，命令： conda install fastqc -y

（-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）

（如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y）

3、确认fastqc软件是否安装成功，命令：fastqc --help

出现的大片文字是软件的帮助文档，可以确定已经安装成功，因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档

4、卸载软件，命令：conda remove fastqc -y