本题综合考查职务代理、无权代理和诉讼时效的中断，难度极大，错误率极高。
A、D项综合考查无权代理、表见代理和职务代理的区别，难度极大，很多考生百思不得其解。根据《民法典》第170条的规定，执行法人或非法人组织工作任务的人员，就其职权范围内的事项，以法人或非法人组织的名义实施民事法律行为，对法人或非法人组织发生效力。法人或非法人组织对执行其工作任务的人员职权范围的限制，不得对抗善意相对人。本题中，小王系甲公司新录用的员工，“擅自”（该关键词表明行为人“无权”）以公司名义签署承诺函的行为显然不属于其职权范围内的事项，应构成无权代理，该行为经甲公司追认后，方能对甲公司产生法律效力，如甲公司不追认，则仍可主张诉讼时效抗辩。故A项正确，当选；D项错误，不当选。
B项考查诉讼时效的中断。诉讼时效的中断仅发生在诉讼时效期间内，意思是诉讼时效期间尚未起算或诉讼时效期间届满后，无诉讼时效中断的问题。本题中，诉讼时效期间已届满，乙公司的债权系自然之债，无诉讼时效中断的问题，至多会发生事后放弃诉讼时效利益问题。故B项错误，不当选。
C项考查诉讼时效抗辩权的行使方式，关键词为“可主动”。对于诉讼时效抗辩权的行使与否，完全由当事人自主决定，当事人不行使的，视为放弃。法院不可以主动释明和适用，应当被动司法。故C项错误，不当选。
综上所述，本题的正确答案为A。
